3bid

Crystal structure of the NMB1088 protein from Neisseria meningitidis. Northeast Structural Genomics Consortium target MR91

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0339 protein NMB1088

Neisseria meningitidis MC58

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y1088_NEIMB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 B； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 C； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 D； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 E； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 F； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 G； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56 作者链 H； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bid
沉积日期 deposition_date	2007-11-30
结构标题 title	Crystal structure of the NMB1088 protein from Neisseria meningitidis. Northeast Structural Genomics Consortium target MR91
关键词 keywords	;alpha-beta protein, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, UNKNOWN FUNCTION ;; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bid__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bid__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.02 Å
Rg（电子密度）	13.90 Å
总 Rg	15.12 Å
原子数	925
残基数	113
排除体积	16469 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3bid__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3bid__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3bid__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3bid__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3bida1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bida2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bide2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bide3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidf3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidg3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bidh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.348 — YegP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.348.1 — YegP-like
家族 Family family	d.348.1.1 — YegP-like

结构域编号 domain_id	d3bidh3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3bidA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

结构域编号 domain_id	3bidH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YegP-like

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晶胞边长 a length_a	34.743 Å
晶胞边长 b length_b	60.040 Å
晶胞边长 c length_c	64.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.39 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	103.97 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.810 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2900

描述 description	UPF0339 protein NMB1088
分子量 formula_weight	7531.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	3787

Crystal structure of the NMB1088 protein from Neisseria meningitidis. Northeast Structural Genomics Consortium target MR91

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0339 protein NMB1088

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bid__assembly_1__model_1

3bid__assembly_1__model_1 | I(q)

3bid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Neisseria meningitidis MC58
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	122586
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

Crystal structure of the NMB1088 protein from Neisseria meningitidis. Northeast Structural Genomics Consortium target MR91

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPF0339 protein NMB1088

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bid__assembly_1__model_1

3bid__assembly_1__model_1 | I(q)

3bid__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)