3blx

Yeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 4 （P28241）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 4 （P28241）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 2 （P28241）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 2 （P28241）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 2 （P28241）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 × 2 （P28241）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IDH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 C； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 E； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 G； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 I； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 K； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 M； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360 作者链 O； PDB构建体 1–349； UniProt 12–360

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P28241

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 4 （P28834）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 4 （P28834）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 2 （P28834）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 2 （P28834）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 2 （P28834）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 × 2 （P28834）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IDH2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 D； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 F； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 H； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 J； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 L； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 N； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369 作者链 P； PDB构建体 1–354； UniProt 16–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3blx
沉积日期 deposition_date	2007-12-11
结构标题 title	Yeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form)
关键词 keywords	;TCA cycle, oxidative metabolism, allostery, dehydrogenase, decarboxylase, Allosteric enzyme, Magnesium, Manganese, Metal-binding, Mitochondrion, NAD, Oxidoreductase, RNA-binding, Transit peptide, Tricarboxylic acid cycle, Phosphoprotein ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3blx__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3blx__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3blx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.69 Å
Rg（电子密度）	38.02 Å
总 Rg	38.37 Å
原子数	10373
残基数	1362
排除体积	185380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3blx__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3blx__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3blx__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3blx__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3blx__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3blx__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
分子量 formula_weight	38076.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	41336

ATAAQAERTLPKKYGGRFTVTLIPGDGVGKEITDSVRTIFEAENIPIDWETINIKQTDHKEGVYEAVESLKRNKIGLKGLWHTPADQTGHGSLNVALRKQLDIYANVALFKSLKGVKTRIPDIDLIVIRENTEGEFSGLEHESVPGVVESLKVMTRPKTERIARFAFDFAKKYNRKSVTAVHKANIMKLGDGLFRNIITEIGQKEYPDIDVSSIIVDNASMQAVAKPHQFDVLVTPSMYGTILGNIGAALIGGPGLVAGANFGRDYAVFEPGSRHVGLDIKGQNVANPTAMILSSTLMLNHLGLNEYATRISKAVHETIAEGKHTTRDIGGSSSTTDFTNEIINKLSTM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
分子量 formula_weight	37839.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

ATVKQPSIGRYTGKPNPSTGKYTVSFIEGDGIGPEISKSVKKIFSAANVPIEWESCDVSPIFVNGLTTIPDPAVQSITKNLVALKGPLATPIGKGHRSLNLTLRKTFGLFANVRPAKSIEGFKTTYENVDLVLIRENTEGEYSGIEHIVCPGVVQSIKLITRDASERVIRYAFEYARAIGRPRVIVVHKSTIQRLADGLFVNVAKELSKEYPDLTLETELIDNSVLKVVTNPSAYTDAVSVCPNLYGDILSDLNSGLSAGSLGLTPSANIGHKISIFEAVHGSAPDIAGQDKANPTALLLSSVMMLNHMGLTNHADQIQNAVLSTIASGPENRTGDLAGTATTSSFTEAVIKRL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3blxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxm_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxo_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3blxp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family family	c.77.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3blxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3blxP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	112.444 Å
晶胞边长 b length_b	115.208 Å
晶胞边长 c length_c	159.247 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.03 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.13 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	35.739 Å
R 因子 r_factor	0.2407
R_work r_work	0.2394
R_free r_free	0.2643

Yeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3blx__assembly_5__model_1

3blx__assembly_5__model_1 | I(q)

3blx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Yeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3blx__assembly_5__model_1

3blx__assembly_5__model_1 | I(q)

3blx__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)