SAXSdb — 3bm8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase yopH

Yersinia enterocolitica

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	phenyl ethenesulfonate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YOPH_YEREN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 164–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bm8
沉积日期 deposition_date	2007-12-12
结构标题 title	crystal structure of YopH mutant D356A complexed with irreversible inhibitor PVSN
关键词 keywords	;co-valent binding, PVSN, binding selectivity, binding affinity, Hydrolase, Membrane, Outer membrane, Plasmid, Protein phosphatase, Secreted, Virulence ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bm8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bm8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bm8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.14 Å
Rg（电子密度）	17.95 Å
总 Rg	18.83 Å
原子数	2175
残基数	282
排除体积	38338 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3bm8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase yopH
分子量 formula_weight	33378.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
突变 mutation	C235R, D356A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2248

RERPHTSGHHGAGEARATAPSTVSPYGPEARAELSSRLTTLRNTLAPATNDPRYLQACGGEKLNRFRDIQCRRQTAVRADLNANYIQVGNTRTIACQYPLQSQLESHFRMLAENRTPVLAVLASSSEIANQRFGMPDYFRQSGTYGSITVESKMTQQVGLGDGIMADMYTLTIREAGQKTISVPVVHVGNWPAQTAVSSEVTKALASLVDQTAETKRNMYESKGSSAVADDSKLRPVIHCRAGVGRTAQLIGAMCMNDSRNSQLSVEDMVSQMRVQRNGIMVQKDEQLDVLIKLAEGQGRPLLNS

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia enterocolitica
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	phenyl ethenesulfonate
分子量 formula_weight	184.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3bm8a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.2 — Higher-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3bm8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

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晶胞边长 a length_a	48.534 Å
晶胞边长 b length_b	54.611 Å
晶胞边长 c length_c	95.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	0.2780

crystal structure of YopH mutant D356A complexed with irreversible inhibitor PVSN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase yopH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bm8__assembly_1__model_1

3bm8__assembly_1__model_1 | I(q)

3bm8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of YopH mutant D356A complexed with irreversible inhibitor PVSN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase yopH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bm8__assembly_1__model_1

3bm8__assembly_1__model_1 | I(q)

3bm8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)