3bq7

SAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol kinase delta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DGKD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208 作者链 B； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208 作者链 C； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208 作者链 D； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208 作者链 E； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208 作者链 F； PDB构建体 6–73； UniProt 1141–1208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bq7
沉积日期 deposition_date	2007-12-19
结构标题 title	SAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G)
关键词 keywords	;SAM domain, polymerization domain, Alternative splicing, Cytoplasm, Kinase, Membrane, Metal-binding, Phorbol-ester binding, Phosphoprotein, Transferase, Zinc, Zinc-finger ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bq7__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bq7__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bq7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.67 Å
Rg（电子密度）	26.55 Å
总 Rg	27.27 Å
原子数	3306
残基数	408
排除体积	59087 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3bq7__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3bq7__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3bq7__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3bq7__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3bq7__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3bq7__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3bq7__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3bq7__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3bq7__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d3bq7a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bq7a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bq7b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bq7c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bq7c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bq7d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bq7e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3bq7e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3bq7f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3bq7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	3bq7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	3bq7C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	3bq7D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	3bq7E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	3bq7F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

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晶胞边长 a length_a	108.079 Å
晶胞边长 b length_b	108.079 Å
晶胞边长 c length_c	33.513 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	54.040 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2900

描述 description	Diacylglycerol kinase delta
分子量 formula_weight	9601.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.107
突变 mutation	E35G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	3320

SAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol kinase delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bq7__assembly_3__model_1

3bq7__assembly_3__model_1 | I(q)

3bq7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

SAM domain of Diacylglycerol Kinase delta1 (E35G)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol kinase delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bq7__assembly_3__model_1

3bq7__assembly_3__model_1 | I(q)

3bq7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)