SAXSdb — 3brf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lin-12 and glp-1 phenotype protein 1, isoform a

Caenorhabditis elegans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DTPDTPDAPDCPDTPDGPDTPDGPDGPDGPDAPDAPDAPDGPDA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDCPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDAPDGPDT)-3') ; × 1 Protein lin-12 × 1 （P14585） sorbitol × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9TYY1_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–478； UniProt 192–663

Protein lin-12

Caenorhabditis elegans

UniProt P14585

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DTPDTPDAPDCPDTPDGPDTPDGPDGPDGPDAPDAPDAPDGPDA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDCPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDAPDGPDT)-3') ; × 1 Lin-12 and glp-1 phenotype protein 1, isoform a × 1 （Q9TYY1） sorbitol × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIN12_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–14； UniProt 938–950

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3brf
沉积日期 deposition_date	2007-12-21
结构标题 title	CSL (Lag-1) bound to DNA with Lin-12 RAM peptide, C2221
关键词 keywords	;protein-DNA complex, signaling, transcription, Notch, DNA-binding, ANK repeat, Developmental protein, Differentiation, EGF-like domain, Glycoprotein, Membrane, Transmembrane, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3brf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3brf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3brf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.63 Å
Rg（电子密度）	26.29 Å
总 Rg	27.12 Å
原子数	4111
残基数	466
排除体积	71202 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3brf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDTPDAPDCPDTPDGPDTPDGPDGPDGPDAPDAPDAPDGP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	4673.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4179

TTACTGTGGGAAAGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDAPDTPDCPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDAPDGP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	4503.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AATCTTTCCCACAGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Lin-12 and glp-1 phenotype protein 1, isoform a
分子量 formula_weight	53848.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SGPLGSGDSVQSLTSDRMIDFLSNKEKYECVISIFHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCIYLIGQGWKLKKDRVAQLYKTLKASAQKDAAIENDPIHEQQATELVAYIGIGSDTSERQQLDFSTGKVRHPGDQRQDPNIYDYCAAKTLYISDSDKRKYFDLNAQFFYGCGMEIGGFVSQRIKVISKPSKKKQSMKNTDCKYLCIASGTKVALFNRLRSQTVSTRYLHVEGNAFHASSTKWGAFTIHLFDDERGLQETDNFAVRDGFVYYGSVVKLVDSVTGIALPRLRIRKVDKQQVILDASCSEEPVSQLHKCAFQMIDNELVYLCLSHDKIIQHQATAINEHRHQINDGAAWTIISTDKAEYRFFEAMGQVANPISPCPVVGSLEVDGHGEASRVELHGRDFKPNLKVWFGATPVETTFRSEESLHCSIPPVSQVRNEQTHWMFTNRTTGDVEVPISLVRDDGVVYSSGLTFSYKSLER

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein lin-12
分子量 formula_weight	1650.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SRMINASVWMPPME

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	sorbitol
分子量 formula_weight	182.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3brfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3brfa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.8 — DNA-binding protein LAG-1 (CSL)

结构域编号 domain_id	d3brfa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.7 — DNA-binding protein LAG-1 (CSL)
家族 Family family	b.42.7.1 — DNA-binding protein LAG-1 (CSL)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3brfA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 — LAG1, DNA binding domain

结构域编号 domain_id	3brfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3brfA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	62.944 Å
晶胞边长 b length_b	95.972 Å
晶胞边长 c length_c	223.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.470 Å
最低分辨率 resolution_low	28.280 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2770

CSL (Lag-1) bound to DNA with Lin-12 RAM peptide, C2221

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lin-12 and glp-1 phenotype protein 1, isoform a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein lin-12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3brf__assembly_1__model_1

3brf__assembly_1__model_1 | I(q)

3brf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

CSL (Lag-1) bound to DNA with Lin-12 RAM peptide, C2221

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lin-12 and glp-1 phenotype protein 1, isoform a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein lin-12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3brf__assembly_1__model_1

3brf__assembly_1__model_1 | I(q)

3brf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)