SAXSdb — 3bsn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA dependent RNA polymerase

Norwalk virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(UPGPCPCPCPGPGPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(UPGPCPCPCPGPGPGP*(N5M))-3') ; × 1 GLYCEROL × 4 MANGANESE (II) ION × 3 ;5-nitrocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q70ET3_9CALI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 329–838

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bsn
沉积日期 deposition_date	2007-12-26
结构标题 title	Norwalk Virus polymerase bound to 5-nitrocytidine triphosphate and primer-template RNA
关键词 keywords	;RNA-dependent RNA polymerase, viral replication, antiviral enzyme inhibitor, Helicase, Hydrolase, Nucleotide-binding, Nucleotidyltransferase, RNA replication, RNA-directed RNA polymerase, Transferase, Transferase-RNA COMPLEX ;; Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3bsn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3bsn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3bsn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.24 Å
Rg（电子密度）	22.85 Å
总 Rg	23.61 Å
原子数	4182
残基数	495
排除体积	73234 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3bsn__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	56843.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4529

GSDSKGTYCGAPILGPGSAPKLSTKTKFWRSSTAPLPPGTYEPAYLGGKDPRVKGGPSLQQVMRDQLKPFTEPRGKPPKPSVLEAAKKTIINVLEQTIDPPDKWSFAQACASLDKTTSSGHPHHMRKNDCWNGESFTGKLADQASKANLMFEEGKNMTPVYTGALKDELVKTDKIYGKIKKRLLWGSDLATMIRCARAFGGLMDELKTHCVTLPIRVGMNMNEDGPIIFERHSRYRYHYDADYSRWDSTQQRAVLAAALEIMVKFSSEPHLAQVVAEDLLSPSVVDVGDFTISINEGLPSGVPCTSQWNSIAHWLLTLCALSEVTNLSPDIIQANSLFSFYGDDEIVSTDIKLDPEKLTAKLKEYGLKPTRPDKTEGPLVISEDLNGLTFLRRTVTRDPAGWFGKLEQSSILRQMYWTRGPNHEDPSETMIPHSQRPIQLMSLLGEAALHGPAFYSKISKLVIAELKEGGMDFYVPRQEPMFRWMRFSDLSTWEGDRNLAPSFVNEDGVE

来源 Source

来源生物 organism	Norwalk virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11983
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPGPCPCPCPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2557.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

UGCCCGGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPGPCPCPCPGPGPGP*(N5M))-3') ;
分子量 formula_weight	2907.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

UGCCCGGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;5-nitrocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ;
分子量 formula_weight	528.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	347

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3bsna_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3bsnA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3230 —

结构域编号 domain_id	3bsnA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	3bsnA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	74.310 Å
晶胞边长 b length_b	93.850 Å
晶胞边长 c length_c	96.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.710 Å
R 因子 r_factor	0.2025
R_work r_work	0.2007
R_free r_free	0.2359

Norwalk Virus polymerase bound to 5-nitrocytidine triphosphate and primer-template RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bsn__assembly_1__model_1

3bsn__assembly_1__model_1 | I(q)

3bsn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Norwalk Virus polymerase bound to 5-nitrocytidine triphosphate and primer-template RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3bsn__assembly_1__model_1

3bsn__assembly_1__model_1 | I(q)

3bsn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)