3byx

Lactobacillus CASEI Thymidylate Synthase Ternary Complex with DUMP and the Phtalimidic Derivative C00 in Multiple Binding Modes

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.4 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase

Lactobacillus casei

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–316	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 C00 2-(4-hydroxybiphenyl-3-yl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；1mM EDTA, 100mM ammonium phosphate, 5% (v/v) PEG 400, 20mM Tris-HCl, DMSO, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3BYX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BO7 THYMIDYLATE SYNTHASE R179T MUTANT 提交 1998-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179T	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
1BO8 THYMIDYLATE SYNTHASE R178T MUTANT 提交 1998-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R178T	K POTASSIUM ION × 2 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
1BP0 THYMIDYLATE SYNTHASE R23I MUTANT 提交 1998-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R23I	K POTASSIUM ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1BP6 THYMIDYLATE SYNTHASE R23I, R179T DOUBLE MUTANT 提交 1998-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R23I, R179T	K POTASSIUM ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
1BP6 THYMIDYLATE SYNTHASE R23I, R179T DOUBLE MUTANT 提交 1998-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R23I, R179T	K POTASSIUM ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
1BPJ THYMIDYLATE SYNTHASE R178T, R179T DOUBLE MUTANT 提交 1998-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R178T, R179T	K POTASSIUM ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
1BPJ THYMIDYLATE SYNTHASE R178T, R179T DOUBLE MUTANT 提交 1998-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R178T, R179T	K POTASSIUM ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.281
1JMF CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229A	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1JMG CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229G	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
1JMH CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229I	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
1JMI CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229S	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1LCA LACTOBACILLUS CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH DUMP AND CB3717 提交 1995-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1LCB LACTOBACILLUS CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH DTMP AND H2FOLATE 提交 1995-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 DHF DIHYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1LCE LACTOBACILLUS CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH DUMP AND CH2THF 提交 1995-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 TMF 5,10-METHYLENE-6-HYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NJA THYMIDYLATE SYNTHASE, MUTATION, N229C WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) 提交 1996-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229C	DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
1NJB THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1996-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229C	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.74 Å
1NJC THYMIDYLATE SYNTHASE, MUTATION, N229D WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) 提交 1996-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229D	DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.50 Å
1NJD THYMIDYLATE SYNTHASE, MUTATION, N229D WITH 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229D	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.20 Å
1NJE THYMIDYLATE SYNTHASE WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) 提交 1996-01-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.30 Å
1TDA STRUCTURES OF THYMIDYLATE SYNTHASE WITH A C-TERMINAL DELETION: ROLE OF THE C-TERMINUS IN ALIGNMENT OF D/UMP AND CH2H4FOLATE 提交 1993-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–315（315 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.09 Å
1TDB STRUCTURES OF THYMIDYLATE SYNTHASE WITH A C-TERMINAL DELETION: ROLE OF THE C-TERMINUS IN ALIGNMENT OF D/UMP AND CH2H4FOLATE 提交 1993-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–315（315 aa）	未记录	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.65 Å
1TDC STRUCTURES OF THYMIDYLATE SYNTHASE WITH A C-TERMINAL DELETION: ROLE OF THE C-TERMINUS IN ALIGNMENT OF D/UMP AND CH2H4FOLATE 提交 1993-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–315（315 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.65 Å
1THY REFINED STRUCTURES OF SUBSTRATE-BOUND AND PHOSPHATE-BOUND THYMIDYLATE SYNTHASE FROM LACTOBACILLUS CASEI 提交 1993-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1TSL L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE WITH SPECIES SPECIFIC INHIBITOR 提交 1997-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 A15 3'-3"-DICHLOROPHENOL-1,8-3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；6 MG/ML PROTEIN, PH 7.4; 1% AMMONIUM SULFATE, 1 MM DTT, + 1 % SATURATED LIGAND-DMSO SOLUTION. HANGING DROP OVER 20 MM KPO4, PH 6.8 AND 1 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
1TSM L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE WITH SPECIES SPECIFIC INHIBITOR 提交 1997-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 MR2 3-DIPHENOL-6-NITRO-3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；6 MG/ML PROTEIN, PH 7.4; 1% AMMONIUM SULFATE, 1 MM DTT, + 1 % SATURATED LIGAND-DMSO SOLUTION. HANGING DROP OVER 20 MM KPO4, PH 6.8 AND 1 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.222
1TSV THYMIDYLATE SYNTHASE R179A MUTANT 提交 1995-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179A	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.90 Å
1TSW THYMIDYLATE SYNTHASE R179A MUTANT 提交 1995-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179A	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å
1TSX THYMIDYLATE SYNTHASE R179E MUTANT 提交 1995-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179E	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å
1TSY THYMIDYLATE SYNTHASE R179K MUTANT 提交 1995-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179K	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.20 Å
1TSZ THYMIDYLATE SYNTHASE R179K MUTANT 提交 1995-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：R179K	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å
1TVU CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229A	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.308
1TVV CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229C	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.283
1TVW CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-09-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：N229S	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.314
1VZA THYMIDYLATE SYNTHASE E60D MUTANT BINARY COMPLEX WITH 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-09-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：E60D	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1VZB L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E60Q BINARY COMPLEX WITH DUMP 提交 1996-09-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：E60Q	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1VZC L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E60Q BINARY COMPLEX WITH FDUMP 提交 1996-09-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：E60Q	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1VZD L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E60Q TERNARY COMPLEX WITH FDUMP AND CB3717 提交 1996-09-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：E60Q	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1VZE L. CASEI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E60Q TERNARY COMPLEX WITH DUMP AND CB3717 提交 1996-09-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：E60Q	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2G86 L. casei thymidylate synthase Y261F in complex with substrate, dUMP 提交 2006-03-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：Y261F	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；vapor diffusion against 20mM KPO4 buffer; protein solution in same buffer with 15-20mM ammonium sulfate, DTT, 38 mMdUMP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
2G89 L. casei thymidylate synthase Y261A in complex with substrate, dUMP 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：Y261A	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；protein in 20mM KPO4 buffer with 15-20mM ammonium sulfate, DTT and 38mM dUMP, against 20mM KPO4 buffer alone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 7.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
2G8A Lactobacillus casei Y261M in complex with substrate, dUMP 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：Y261M	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Vapor diffusion against 20 mM KPO4 from protein solutions in the same buffer with 15-20 mM ammonium sulfate, DTT, and 38mM dUMP, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.276
2G8D Lactobacillus casei thymidylate synthase Y261W-dUMP complex 提交 2006-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	突变：Y261W	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Vapor diffusion against 20mM KPO4 buffer from protein solutions in the same buffer, containing 15-20mM ammonium sulfate, DTT and 38mM dUMP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.K	分辨率 2.40 Å R-free 0.251
2TDD STRUCTURES OF THYMIDYLATE SYNTHASE WITH A C-TERMINAL DELETION: ROLE OF THE C-TERMINUS IN ALIGNMENT OF D/UMP AND CH2H4FOLATE 提交 1993-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–315（315 aa）	未记录	THF 5-HYDROXYMETHYLENE-6-HYDROFOLIC ACID × 2 UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
2TDM STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1997-03-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.55 Å
3BNZ Crystal structure of Thymidylate Synthase ternary complex with dUMP and 8A inhibitor 提交 2007-12-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 C16 4-(4-methyl-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)benzonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；100mM (NH4)H2PO4/(NH4)2HPO4, 5% v/v PEG 400, 20mM Tris-HCl buffer pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.323
3BZ0 Lactobacillus Casei Thymidylate Synthase Ternary Complex with DUMP and the Phtalimidic Derivative C00 提交 2008-01-17	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 C00 2-(4-hydroxybiphenyl-3-yl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；1mM EDTA, 20 mM Tris-HCl, dUMP, 100mM ammonium phopshate, 5% (v/v) PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.326
3C06 Lactobacillus CASEI Thymidylate Synthase Ternary Complex With DUMP and the Phtalimidic Derivative 14C in Multiple Binding Modes-Mode 1 提交 2008-01-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 14C 2-(2-chloropyridin-4-yl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；4mg/mL LcTS, 1mM EDTA, 40mM dUMP, 20mM TRIS HCl, 100mM ammonium phosphate, 5% PEG 400 (v/v), 10-12% ligand solution in DMSO, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
3C0A Lactobacillus CASEI Thymidylate Synthase Ternary Complex with DUMP and the Phtalimidic Derivative 14C in Multiple Binding Modes-Mode 2 提交 2008-01-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 14C 2-(2-chloropyridin-4-yl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；4mg/mL LcTS, 1mM EDTA, 40mM dUMP, 20mM TRIS HCl,100mM ammonium phosphate, 5% PEG 400 v/v, 10-12% ligand solution in DMSO, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.326
3IJZ Lactobacillus casei Thymidylate Synthase ternary complex with dUMP and Pthalimidic derivative 15C 提交 2009-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	15C 2-(4-acetylphenyl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；10% saturated Ammonium sulfate, 1mM DTT, 20mM Potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.253
3IK0 Lactobacillus casei Thymidylate Synthase in Ternary Complex with dUMP and the Phtalimidic Derivative 7C1 提交 2009-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	7C1 4-(4-methyl-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)benzenecarboximidamide × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；10% saturated Ammonium sulfate, 1mM DTT, 20mM Potassium phosphate , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
3IK1 Lactobacillus casei Thymidylate Synthase in Ternary Complex with dUMP and the Phtalimidic Derivative 20C 提交 2009-08-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	20C 2-hydroxy-4-(4-methyl-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)benzoic acid × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；10% saturated Ammonium sulfate, 1mM DTT, 20mM Potassium phosphate , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
4TMS PLASTIC ADAPTATION TOWARD MUTATIONS IN PROTEINS: STRUCTURAL COMPARISON OF THYMIDYLATE SYNTHASES 提交 1992-01-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å

共 50 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYSY_LACCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3byx
沉积日期 deposition_date	2008-01-16
结构标题 title	Lactobacillus CASEI Thymidylate Synthase Ternary Complex with DUMP and the Phtalimidic Derivative C00 in Multiple Binding Modes
关键词 keywords	Structure Based Drug Design, Methyltransferase, Nucleotide biosynthesis, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.87 Å
零角强度 I(0) i0	22424000.00
分子量 molecular_weight	36846.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46325 Å³
包络体积 envelope_volume	53795 Å³
水化壳体积 shell_volume	22329 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.63 Å
包络 Rg envelope_rg	20.10 Å
形状 Rg shape_rg	19.85 Å
总 Rg total_rg	20.84 Å
总原子数 total_atoms	2613
残基数 n_residues	313
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3642000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymidylate synthase
分子量 formula_weight	36630.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2761

MLEQPYLDLAKKVLDEGHFKPDRTHTGTYSIFGHQMRFDLSKGFPLLTTKKVPFGLIKSELLWFLHGDTNIRFLLQHRNHIWDEWAFEKWVKSDEYHGPDMTDFGHRSQKDPEFAAVYHEEMAKFDDRVLHDDAFAAKYGDLGLVYGSQWRAWHTSKGDTIDQLGDVIEQIKTHPYSRRLIVSAWNPEDVPTMALPPCHTLYQFYVNDGKLSLQLYQRSADIFLGVPFNIASYALLTHLVAHECGLEVGEFIHTFGDAHLYVNHLDQIKEQLSRTPRPAPTLQLNPDKHDIFDFDMKDIKLLNYDPYPAIKAPVAV

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus casei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	308.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(4-hydroxybiphenyl-3-yl)-4-methyl-1H-isoindole-1,3(2H)-dione
分子量 formula_weight	329.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3byxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3byxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.012 Å
晶胞边长 b length_b	77.012 Å
晶胞边长 c length_c	213.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	48.740 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2830

fit	/app/data/saxs_computation/by/3byx/3byx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/3byx/3byx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/3byx/3byx.dat