3c2i

The Crystal Structure of Methyl-CpG Binding Domain of Human MeCP2 in Complex with a Methylated DNA Sequence from BDNF

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P51608

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*(5CM)P*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DTP*DA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*(5CM)P*DGP*DTP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3') ; × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MECP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–91; UniProt 77–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3c2i
沉积日期 deposition_date2008-01-25
结构标题 titleThe Crystal Structure of Methyl-CpG Binding Domain of Human MeCP2 in Complex with a Methylated DNA Sequence from BDNF
关键词 keywords;water mediated recognition, protein-methylated DNA complex, Asx-ST-motif, Disease mutation, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Repressor, Transcription regulator ;; Transcription regulator
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c2i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c2i__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c2i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.88 Å
Rg(电子密度)19.11 Å
总 Rg19.79 Å
原子数1400
残基数108
排除体积22374 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3c2i__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3c2iA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
▶

7. 引用文献 (1)