3c2k

DNA POLYMERASE BETA with a gapped DNA substrate and DUMPNPP with Manganese in the active site

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(DCPDCPDGPDAPDCPDAPDGPDCPDGPDCPDAPDTPDCPDAPDGPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DGPDCPDTPDGPDAPDTPDGPDCPDGPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDTPDCPDGP*DG)-3') ; × 1 MANGANESE (II) ION × 5 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 4 ;2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE ; × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c2k
沉积日期 deposition_date	2008-01-25
结构标题 title	DNA POLYMERASE BETA with a gapped DNA substrate and DUMPNPP with Manganese in the active site
关键词 keywords	;Nucleotidyl Transferase, DNA Polymerase, Misincorporation, Manganese, DNA damage, DNA repair, DNA replication, DNA synthesis, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Lyase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotidyltransferase, Nucleus, Polymorphism, Sodium, TRANSFERASE-DNA COMPLEX ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c2k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c2k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.93 Å
Rg（电子密度）	22.26 Å
总 Rg	23.03 Å
原子数	3283
残基数	357
排除体积	56476 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3c2k__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDCPDGPDAPDCPDAPDGPDCPDGPDCPDAPDTPDCPDAPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	4853.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	3515

CCGACAGCGCATCAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDCPDTPDGPDAPDTPDGPDCPDGPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3061.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GCTGATGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDTPDCPDGP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	1536.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GTCGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase beta
分子量 formula_weight	38241.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7, 4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3c2ka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.6 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
家族 Family family	a.60.6.1 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3c2ka2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.12 — PsbU/PolX domain-like
家族 Family family	a.60.12.1 — DNA polymerase beta-like, second domain

结构域编号 domain_id	d3c2ka3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.2 — DNA polymerase beta-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3c2kA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	3c2kA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3c2kA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3c2kA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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晶胞边长 a length_a	50.790 Å
晶胞边长 b length_b	80.680 Å
晶胞边长 c length_c	55.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	21.390 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2780

DNA POLYMERASE BETA with a gapped DNA substrate and DUMPNPP with Manganese in the active site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c2k__assembly_1__model_1

3c2k__assembly_1__model_1 | I(q)

3c2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

DNA POLYMERASE BETA with a gapped DNA substrate and DUMPNPP with Manganese in the active site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c2k__assembly_1__model_1

3c2k__assembly_1__model_1 | I(q)

3c2k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)