3c5i

Crystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	蛋白单体	单体	1 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	1 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	1 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	1 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	1 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c5i
沉积日期 deposition_date	2008-01-31
结构标题 title	Crystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520
关键词 keywords	choline, kinase, malaria, Plasmodium knowlesi, TRANSFERASE, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c5i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c5i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c5i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.14 Å
Rg（电子密度）	21.07 Å
总 Rg	21.96 Å
原子数	2835
残基数	343
排除体积	50826 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3c5i__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3c5i__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3c5i__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3c5i__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3c5i__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Choline kinase
分子量 formula_weight	43839.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12122

GPLCAQEFSDLTDPLYIKKICLEKVPEWNHFTEDNLRVKQILSGLTNQLFEVGLKEETANNYNSIRTRVLFRIYGKHVDELYNTISEFEVYKTMSKYKIAPQLLNTFNGGRIEEWLYGDPLRIDDLKNPTILIGIANVLGKFHTLSRKRHLPEHWDRTPCIFKMMEKWKNQLFKYKNIEKYNCDIHKYIKESDKFIKFMKVYSKSDNLANTIVFCHNDLQENNIINTNKCLRLIDFEYSGFNFLATDIANFFIETSIDYSVSSYPFFEIDKKKYISYENRKLFITAYLSNYLDKSLVVPTPKLIDEILEAVEVQALGAHLLWGFWSIIRGYQTKSYNEFDFFLYAEQRLKMYDDQKEYLISNNIIKGYD

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium knowlesi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5850
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cleaved fragment of N-terminal expression tag
分子量 formula_weight	812.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ENLYFQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHOLINE ION
分子量 formula_weight	104.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	404

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3c5iA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3c5iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

结构域编号 domain_id	3c5iB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3c5iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

结构域编号 domain_id	3c5iC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3c5iC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

结构域编号 domain_id	3c5iD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3c5iD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1200 — Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe

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晶胞边长 a length_a	112.985 Å
晶胞边长 b length_b	71.993 Å
晶胞边长 c length_c	116.393 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	24.790 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2600

Crystal structure of Plasmodium knowlesi choline kinase, PKH_134520

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c5i__assembly_1__model_1

3c5i__assembly_1__model_1 | I(q)

3c5i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)