SAXSdb — 3c5x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

Dengue virus 2 Thailand/16681/84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-altropyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O09234_DEN26
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–402； UniProt 281–674 作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 115–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c5x
沉积日期 deposition_date	2008-02-01
结构标题 title	Crystal structure of the precursor membrane protein- envelope protein heterodimer from the dengue 2 virus at low pH
关键词 keywords	BETA BARREL, prM-E protein complex, Helicase, Hydrolase, Nucleotide-binding, RNA replication, Transmembrane, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c5x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c5x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.34 Å
Rg（电子密度）	40.39 Å
总 Rg	40.31 Å
原子数	3776
残基数	471
排除体积	67421 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3c5x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	44801.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3860

GENLYFQGMRCIGMSNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTESRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFRCKKNMEGKVVQPENLEYTIVITPHSGEEHAVGNDTGKHGKEIKITPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLNWFKK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2 Thailand/16681/84
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31634
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	prM
分子量 formula_weight	14870.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

FHLTTRNGEPHMIVSRQEKGKSLLFKTEDGVNMCTLMAMDLGELCEDTITYKCPLLRQNEPEDIDCWCNSTSTWVTYGTCTTMGEHSTEKSSVALVPHVGMGLETRTETWMSSEGAWKHVQRIETWILRH

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-altropyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3c5xa1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.10 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.10.1 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains
家族 Family family	f.10.1.1 — Viral glycoprotein, central and dimerisation domains

结构域编号 domain_id	d3c5xa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3c5xa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3c5xA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	3c5xA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	3c5xA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	3c5xA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3c5xC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Flavivirus polyprotein propeptide domain

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晶胞边长 a length_a	71.209 Å
晶胞边长 b length_b	108.595 Å
晶胞边长 c length_c	108.738 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2555
R_work r_work	0.2533
R_free r_free	0.2753

Crystal structure of the precursor membrane protein- envelope protein heterodimer from the dengue 2 virus at low pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c5x__assembly_1__model_1

3c5x__assembly_1__model_1 | I(q)

3c5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the precursor membrane protein- envelope protein heterodimer from the dengue 2 virus at low pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c5x__assembly_1__model_1

3c5x__assembly_1__model_1 | I(q)

3c5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)