3c66

Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) polymerase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1 × 1 （P45976） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GLYCEROL × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1 × 1 （P45976） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GLYCEROL × 6 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–526； UniProt 1–526 作者链 B； PDB构建体 1–526； UniProt 1–526

Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

物种未注明

UniProt P45976

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Poly(A) polymerase × 1 （P29468） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GLYCEROL × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Poly(A) polymerase × 1 （P29468） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GLYCEROL × 6 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–26； UniProt 80–105 作者链 D； PDB构建体 1–26； UniProt 80–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c66
沉积日期 deposition_date	2008-02-02
结构标题 title	Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105
关键词 keywords	Peptide-protein complex, mRNA processing, Nucleus, RNA-binding, Transferase, Phosphoprotein; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c66__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c66__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.99 Å
Rg（电子密度）	25.70 Å
总 Rg	26.70 Å
原子数	4427
残基数	553
排除体积	79507 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3c66__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3c66__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poly(A) polymerase
分子量 formula_weight	61439.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9172

MSSQKVFGITGPVSTVGATAAENKLNDSLIQELKKEGSFETEQETANRVQVLKILQELAQRFVYEVSKKKNMSDGMARDAGGKIFTYGSYRLGVHGPGSDIDTLVVVPKHVTREDFFTVFDSLLRERKELDEIAPVPDAFVPIIKIKFSGISIDLICARLDQPQVPLSLTLSDKNLLRNLDEKDLRALNGTRVTDEILELVPKPNVFRIALRAIKLWAQRRAVYANIFGFPGGVAWAMLVARICQLYPNACSAVILNRFFIILSEWNWPQPVILKPIEDGPLQVRVWNPKIYAQDRSHRMPVITPAYPSMCATHNITESTKKVILQEFVRGVQITNDIFSNKKSWANLFEKNDFFFRYKFYLEITAYTRGSDEQHLKWSGLVESKVRLLVMKLEVLAGIKIAHPFTKPFESSYCCPTEDDYEMIQDKYGSHKTETALNALKLVTDENKEEESIKDAPKAYLSTMYIGLDFNIENKKEKVDIHIPCTEFVNLCRSFNEDYGDHKVFNLALRFVKGYDLPDEVFDENEKRPSKKSKRKN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1
分子量 formula_weight	2805.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

DLEVIISLGPDPTRLDAKLLDSYSTA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3c66a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.160 — PAP/OAS1 substrate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.160.1 — PAP/OAS1 substrate-binding domain
家族 Family family	a.160.1.1 — Poly(A) polymerase, PAP, middle domain

结构域编号 domain_id	d3c66a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.3 — Poly(A) polymerase, PAP, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3c66a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.16 — PAP/Archaeal CCA-adding enzyme, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.16.1 — Poly(A) polymerase, PAP, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3c66a4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3c66b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.160 — PAP/OAS1 substrate-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.160.1 — PAP/OAS1 substrate-binding domain
家族 Family family	a.160.1.1 — Poly(A) polymerase, PAP, middle domain

结构域编号 domain_id	d3c66b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.3 — Poly(A) polymerase, PAP, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3c66b3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.16 — PAP/Archaeal CCA-adding enzyme, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.16.1 — Poly(A) polymerase, PAP, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3c66b4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3c66A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3c66A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3c66A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	3c66B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3c66B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3c66B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

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晶胞边长 a length_a	111.124 Å
晶胞边长 b length_b	184.211 Å
晶胞边长 c length_c	73.534 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	28.870 Å
R 因子 r_factor	0.2002
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2582

Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c66__assembly_1__model_1

3c66__assembly_1__model_1 | I(q)

3c66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Yeast poly(A) polymerase in complex with Fip1 residues 80-105

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-mRNA polyadenylation factor FIP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c66__assembly_1__model_1

3c66__assembly_1__model_1 | I(q)

3c66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)