SAXSdb — 3c9i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

Bacteriophage P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–233 链 B； UniProt 1–233 链 C； UniProt 1–233	突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–233 链 E； UniProt 1–233 链 F； UniProt 1–233	突变：L222M	XE XENON × 7 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；298 K；18% PEG 4000, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Ammonium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.95 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3C9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZKP P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 7.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–233（233 aa）	突变：L222M	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；40% PEG 1000, 0.1M MOPS pH7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.189
4ZKU P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–233（233 aa）	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4ZKU P22 Tail Needle Gp26 crystallized at pH 10.0 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–233（233 aa）	突变：L222M	CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；40% PEG 4000, 0.1M CAPS pH 10.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–140（140 aa）链 B 1–140（140 aa）链 C 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
4ZXQ P22 Tail Needle Gp26 1-140 crystallized at pH 3.9 提交 2015-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–140（140 aa）链 E 1–140（140 aa）链 F 1–140（140 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293 K；20% PEG 8000, 0.05 M Potassium phosphate monobasic pH 3.9	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
8EAP Cryo-EM structure of the in-situ gp10-gp26 from bacteriophage P22 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 3–64（62 aa）链 B 3–64（62 aa）链 C 3–64（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG26_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233 作者链 B； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233 作者链 C； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233 作者链 D； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233 作者链 E； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233 作者链 F； PDB构建体 10–242； UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c9i
沉积日期 deposition_date	2008-02-15
结构标题 title	Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas
关键词 keywords	P22, Tail-Needle, Xenon, Coiled-Coil, Protein Fiber, Coiled coil, Late protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	80.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	83.71 Å
零角强度 I(0) i0	354396000.00
分子量 molecular_weight	147660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180800 Å³
包络体积 envelope_volume	266990 Å³
水化壳体积 shell_volume	36541 Å³
包络直径 envelope_diameter	304.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.31 Å
包络 Rg envelope_rg	83.30 Å
形状 Rg shape_rg	83.69 Å
总 Rg total_rg	82.93 Å
总原子数 total_atoms	10261
残基数 n_residues	1376
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	232.7 Å
Rg (实空间) rg_real	77.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	347900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6378
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.779
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0232
最高正则化参数 α highest_alpha	7461000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.247; Stabil: 0.935; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.204; Smooth: 0.279

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tail needle protein gp26
分子量 formula_weight	25640.4 kDa
突变 mutation	L222M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	11851

GALVPRGSHMADPSLNNPVVIQATRLDASILPRNVFSKSYLLYVIAQGTDVGAIAGKANEAGQGAYDAQVKNDEQDVELADHEARIKQLRIDVDDHESRITANTKAITALNVRVTTAEGEIASLQTNVSALDGRVTTAENNISALQADYVSKTATTSQSLASPLNVTTSYSVGGKKVVGARQTGWTAATGTANKGVFDADLTFAVSDTYTQSEIQAIANALITERRRTKAMEDALRAHGLID

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage P22
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1590

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3c9iA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	3c9iB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	3c9iC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	3c9iD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	3c9iE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iE02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

结构域编号 domain_id	3c9iF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

结构域编号 domain_id	3c9iF02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	940 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.539 Å
晶胞边长 b length_b	114.531 Å
晶胞边长 c length_c	172.045 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/c9/3c9i/3c9i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/3c9i/3c9i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/3c9i/3c9i.dat

Structure of P22 Tail-Needle GP26 Bound to Xenon Gas

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail needle protein gp26

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction