SAXSdb — 3c9k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A-IV

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 704	Histone H2B 7 × 176 （P0C1H5） Histone H3.2 × 176 （P84229） Histone H4 × 176 （P62801）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H3.2 × 2 （P84229） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H3.2 × 2 （P84229） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A4_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 2–129 作者链 E； PDB构建体 1–128； UniProt 2–129

Histone H2B 7

物种未注明

UniProt P0C1H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 704	Histone H2A-IV × 176 （P02263） Histone H3.2 × 176 （P84229） Histone H4 × 176 （P62801）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H3.2 × 2 （P84229） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H3.2 × 2 （P84229） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B7_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 F； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Histone H3.2

物种未注明

UniProt P84229

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 704	Histone H2A-IV × 176 （P02263） Histone H2B 7 × 176 （P0C1H5） Histone H4 × 176 （P62801）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H4 × 2 （P62801）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 G； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

物种未注明

UniProt P62801

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 704	Histone H2A-IV × 176 （P02263） Histone H2B 7 × 176 （P0C1H5） Histone H3.2 × 176 （P84229）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H3.2 × 2 （P84229）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Histone H2A-IV × 2 （P02263） Histone H2B 7 × 2 （P0C1H5） Histone H3.2 × 2 （P84229）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_CHICK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 H； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c9k
沉积日期 deposition_date	2008-02-16
结构标题 title	Model of Histone Octamer Tubular Crystals
关键词 keywords	helix, tubular crystal, Chromosomal protein, Nucleosome core, Nucleus, Phosphoprotein, Methylation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3c9k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	187.10 Å
总 Rg	187.20 Å
原子数	501600
残基数	63712
排除体积	9009500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3c9k__assembly_1__model_1`	704-meric （704）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3c9k__assembly_2__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3c9k__assembly_3__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H2A-IV
分子量 formula_weight	13838.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	5700

SGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTDSHKAKAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2B 7
分子量 formula_weight	13864.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKGDKKRKRARKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15289.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	20.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Iterative Helical Real Space Reconstruction
颗粒数 num_particles	3500

Model of Histone Octamer Tubular Crystals

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A-IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c9k__assembly_1__model_1

3c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

3c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Model of Histone Octamer Tubular Crystals

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A-IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3c9k__assembly_1__model_1

3c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

3c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)