SAXSdb — 3cbb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 58–135 链 B； UniProt 58–135	片段：DNA binding domain	Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA × 1 Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；26% PEG 4000, 80mM Magnesium acetate, 50mM Sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PZL Crystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the coactivator SRC-1 peptide 提交 2003-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–369（237 aa）片段：HNF4A-LDB	突变：D137L, S138A	MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium, Potassium Tartrate, Hepes, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.267
3FS1 Crystal structure of HNF4a LBD in complex with the ligand and the coactivator PGC-1a fragment 提交 2009-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–377（230 aa）片段：HNF4a Ligand Binding Domain	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
4B7W Ligand binding domain human hepatocyte nuclear factor 4alpha: Apo form 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 B 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 C 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377 链 D 142–377（236 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 142-377	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.7 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, 10 MM DTT, 16% MPD IN 0.1 M TRIS, PH 8.0	分辨率 4.00 Å R-free 0.280
4IQR Multi-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Complex on DNA 提交 2013-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377 链 B 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M MES, 25mM NH4Cl, 25mM MgCl2 and PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
4IQR Multi-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Complex on DNA 提交 2013-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 E 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377 链 F 55–377（323 aa）片段：unp residues 55-377	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M MES, 25mM NH4Cl, 25mM MgCl2 and PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.278
6CHT HNF4alpha in complex with the corepressor EBP1 fragment 提交 2018-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 178–421（244 aa）链 B 178–421（244 aa）链 J 178–421（244 aa）链 K 178–421（244 aa）链 M 178–421（244 aa）链 N 178–421（244 aa）链 V 178–421（244 aa）链 W 178–421（244 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274
6CHT HNF4alpha in complex with the corepressor EBP1 fragment 提交 2018-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 178–421（244 aa）链 E 178–421（244 aa）链 G 178–421（244 aa）链 H 178–421（244 aa）链 P 178–421（244 aa）链 Q 178–421（244 aa）链 S 178–421（244 aa）链 T 178–421（244 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；0.1 m Bis-Tris, 26-28% MPD, 3-4% PEG8000, 20-50 mM Glycine and 10% glycerol	分辨率 3.17 Å R-free 0.274
8C1L Crystal structure of HNF4 alpha LBD in complexes with palmitic acid and GRIP-1 peptide 提交 2022-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–377（230 aa）链 B 148–377（230 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；284 K；20% PEG3350 -- 10% ethylene glycol -- 0.1M bis-tris-propane pH 8.5 -- 0.2M sodium nitrate	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
9IBR Crystal structure of HNF4 alpha LBD complexed with GRIP-1 peptide and ESY13 提交 2025-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 148–377（230 aa）	未记录	A1I1W 2-hydroxy-5-(phenylethynyl)benzoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；16% PEG3350 8% ethylene glycol 0.1M bis-tris-propane pH 8.5 -	分辨率 2.78 Å R-free 0.355

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HNF4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–78； UniProt 58–135 作者链 B； PDB构建体 1–78； UniProt 58–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cbb
沉积日期 deposition_date	2008-02-21
结构标题 title	Crystal Structure of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha in complex with DNA: Diabetes Gene Product
关键词 keywords	zinc finger, protein-DNA complex, diabetes, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.26 Å
零角强度 I(0) i0	29505300.00
分子量 molecular_weight	30958.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34164 Å³
包络体积 envelope_volume	46172 Å³
水化壳体积 shell_volume	18866 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.00 Å
包络 Rg envelope_rg	21.59 Å
形状 Rg shape_rg	21.22 Å
总 Rg total_rg	21.95 Å
总原子数 total_atoms	2089
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8703
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.431
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3888000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA
分子量 formula_weight	6407.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2246

TGAAGTCCAAAGTTCAGTCCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha promoter element DNA
分子量 formula_weight	6478.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGGGACTGAACTTTGGACTTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain
分子量 formula_weight	9056.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ALCAICGDRATGKHYGASSCDGCKGFFRRSVRKNHMYSCRFSRQCVVDKDKRNQCRYCRLKKCFRAGMKKEAVQNERD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3cbba_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.2 — Nuclear receptor

结构域编号 domain_id	d3cbbb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.2 — Nuclear receptor

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3cbbA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	3cbbB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	121.628 Å
晶胞边长 b length_b	35.425 Å
晶胞边长 c length_c	70.985 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/cb/3cbb/3cbb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cb/3cbb/3cbb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cb/3cbb/3cbb.dat

Crystal Structure of Hepatocyte Nuclear Factor 4alpha in complex with DNA: Diabetes Gene Product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte Nuclear Factor 4-alpha, DNA binding domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)