3cfi

Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopilin heterdimer from Vibrio Vulnificus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

Vibrio vulnificus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ × 1 （Q7MPZ0） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ × 1 （Q7MPZ0） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ × 1 （Q7MPZ0） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ × 1 （Q7MPZ0） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7MPZ1_VIBVY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–84； UniProt 61–144 作者链 D； PDB构建体 1–84； UniProt 61–144 作者链 G； PDB构建体 1–84； UniProt 61–144 作者链 J； PDB构建体 1–84； UniProt 61–144

Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

Vibrio vulnificus

UniProt Q7MPZ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI × 1 （Q7MPZ1） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI × 1 （Q7MPZ1） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI × 1 （Q7MPZ1） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI × 1 （Q7MPZ1） Nanobody NBEPSIJ_11 × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7MPZ0_VIBVY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–164； UniProt 47–210 作者链 E； PDB构建体 1–164； UniProt 47–210 作者链 H； PDB构建体 1–164； UniProt 47–210 作者链 K； PDB构建体 1–164； UniProt 47–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cfi
沉积日期 deposition_date	2008-03-03
结构标题 title	Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopilin heterdimer from Vibrio Vulnificus
关键词 keywords	General Secretory Pathway, Pseudopilins, Single Chain Antibody, Methylation, PROTEIN TRANSPORT-Immune system COMPLEX; PROTEIN TRANSPORT/Immune system
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cfi__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cfi__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cfi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.65 Å
Rg（电子密度）	24.25 Å
总 Rg	25.07 Å
原子数	2790
残基数	352
排除体积	49451 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cfi__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cfi__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3cfi__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3cfi__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI
分子量 formula_weight	9226.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	11229

INTVGYLEQKMFAAMVADNQMAMVMLNPKNLKASNGEEELAGQTWYWKVAPVATTQPLLKAFDVSVAAEKQASPIITVRSYVAK

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio vulnificus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	672
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ
分子量 formula_weight	19203.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

NELSQERTARLNELQRALVMMDSDFRQIALRQTRTNGEEPSKKLLHWADYLLDSDNKGIMFARLGWHNPQQQFPRGEVTKVGYRIKDERLERVWWRYPDTPAGQEGVVTPLLSDVEELNVRFYDGKQWINEWSNELTLPAAISVELTLKDYGKIARTYLTPEGN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio vulnificus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	672
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody NBEPSIJ_11
分子量 formula_weight	12614.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFAFSGYAMSWVRQAPGKGLEWVSGINRDGSTSYTAPVKGRFTISRDNAKNILYLQMNSLRPEDTAVYYCAKWLGGRDWYDRGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	155

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d3cfia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.7 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	d3cfib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.5 — EpsJ-like

结构域编号 domain_id	d3cfic1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cfic2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3cfid_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.7 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	d3cfie_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.5 — EpsJ-like

结构域编号 domain_id	d3cfif1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cfif2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3cfig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.7 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	d3cfih_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.5 — EpsJ-like

结构域编号 domain_id	d3cfii1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cfii2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3cfij_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.7 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	d3cfik_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamily	d.24.1 — Pili subunits
家族 Family family	d.24.1.5 — EpsJ-like

结构域编号 domain_id	d3cfil1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cfil2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3cfiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	3cfiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cfiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	3cfiF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cfiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	3cfiI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cfiJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — GSPII I/J protein-like

结构域编号 domain_id	3cfiL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	46.720 Å
晶胞边长 b length_b	67.243 Å
晶胞边长 c length_c	128.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.54 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.2319
R_work r_work	0.2294
R_free r_free	0.2790

Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopilin heterdimer from Vibrio Vulnificus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cfi__assembly_2__model_1

3cfi__assembly_2__model_1 | I(q)

3cfi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Nanobody-aided structure determination of the EPSI:EPSJ pseudopilin heterdimer from Vibrio Vulnificus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretory pathway, pseudopilin EpsI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type II secretory pathway, PSEUDOPILIN EpsJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cfi__assembly_2__model_1

3cfi__assembly_2__model_1 | I(q)

3cfi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)