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3cfr

Structure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase

BACTERIOPHAGE RB69

UniProt Q38087

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–903 突变：L561A, S565G, Y567A ;DNA (5'-D(*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DGP*DCP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*(DOC))-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；7% PEG350 monomethyl ether, 0.1M NA CACODYLATE, 0.1 M CA2CL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.40 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3CFR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8H SLIDING CLAMP, DNA POLYMERASE 提交 1999-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 893–903（11 aa） 片段：RESIDUES 893-903
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.313
1CLQ CRYSTAL STRUCTURE OF A REPLICATION FORK DNA POLYMERASE EDITING COMPLEX AT 2.7 A RESOLUTION 提交 1999-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：RESIDUES 1-903
未记录 CA CALCIUM ION × 9 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；12% (W/V) PEG 350MME, 150 MM CACL2, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 12 DEGREES C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1IG9 Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase 提交 2001-04-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：Exonuclease-deficient (D222A/D327A) mutant CA CALCIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；PEG 350 monomethyl ether, calcium chloride, sodium cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1IH7 High-Resolution Structure of Apo RB69 DNA Polymerase 提交 2001-04-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 2 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；285 K；Sodium citrate, sodium/potassium tartrate, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.21 Å R-free 0.258
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9X Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 3DR 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
分辨率 2.69 Å R-free 0.288
1Q9Y CRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH 8-OXOGUANOSINE CONTAINING DNA 提交 2003-08-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
1WAF DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 3.20 Å R-free 0.274
1WAF DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–903（903 aa）
未记录 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 3.20 Å R-free 0.274
1WAJ DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 提交 1997-04-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2ATQ RB69 single-stranded DNA binding protein-DNA polymerase fusion 提交 2005-08-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 400, Tris-Cl, 6-aminocaproic acid, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 3.20 Å R-free 0.345
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DTU Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of RB69 gp43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2006-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–902（902 aa）
突变：D222A, D327A, I253G, Deletion 254-260 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES pH 7.1, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.37 Å R-free 0.268
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2DY4 Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing Thymine Glycol 提交 2006-09-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG2000 MME, Magnesium Sulfate, Sodium acetate, HEPES buffer pH7.0, Beta-mercaptoethanol, glycerol, 3 cycles of Macro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.281
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A MG MAGNESIUM ION × 1 N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OYQ Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NIMP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.294
2OZM Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with 5-NITP opposite an abasic site analog 提交 2007-02-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A MG MAGNESIUM ION × 1 N5P 1-{2-DEOXY-5-O-[(R)-HYDROXY{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL]-BETA-D-ERYTHRO-PENTOFURANOSYL}-5-NITRO -1H-INDOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 20000,sodium acetate, magnesium acetate, beta-mercaptoethanol, TRIS 7.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.86 Å R-free 0.268
2OZS Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dATP opposite dTMP 提交 2007-02-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A MG MAGNESIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 20000, sodium acetate, magnesium acetate, beta-mercaptoethanol, TRIS 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.75 Å R-free 0.272
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5G Crystal structure of RB69 gp43 in complex with DNA with dAMP opposite an abasic site analog in a 21mer template 提交 2007-03-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, magnesium sulfate, beta-mercaptoethanol, HEPES 7.0, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2P5O Crystal structure of RB69 GP43 in complex with DNA containing an abasic site analog 提交 2007-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 2–903（902 aa）
突变：D222A, D327A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；8% PEG 2000 MME. 100mM Magnesium sulfate, 100mM HEPES, 100mM Sodium acetate, 15% glycerol, 2mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3CFO Triple Mutant APO structure 提交 2008-03-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A/S565G/Y567A SO4 SULFATE ION × 4 GMP GUANOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.015 M MG ACETATE, 0.05M NA CACODYLATE, 1.7 M (NH4)2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.235
3CFP Structure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 1 提交 2008-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；7% PEG350 monomethyl ether, 0.1M NA CACODYLATE, 0.14M CACL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.267
3CQ8 Ternary complex of the L415F mutant RB69 exo(-)polymerase 提交 2008-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：RB69 polymerase
突变：L415F, D222A, D327A CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；220mM CaCl2, 25% monometheyl ether PEG350, and 50mM Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.50 Å R-free 0.281
3KD1 Closed binary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic GMP terminated primer template pair. 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 E 1–903（903 aa） 片段：RB69 gp43 exo- chimera containing elements from the fingers domain of the human cytomegalovirus DNA polymerase.
突变：D222A V478W F479V N480S I557M N558A R559L L561V I562T I563C MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；5% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH 5, 0.1M magnesium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.66 Å R-free 0.248
3KD5 Closed ternary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic GMP terminated primer template pair and phosphonoformic acid. 提交 2009-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 E 1–903（903 aa） 片段：RB69 gp43 exo- chimera containing elements from the fingers domain of the human cytomegalovirus DNA polymerase.
突变：D222A V478W F479V N480S I557M N558A R559L L561V I562T I563C PPF PHOSPHONOFORMIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；5% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH5, 0.1M magnesium acetate, 0.1M Tris HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.69 Å R-free 0.263
3L8B Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin 提交 2009-12-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；reservoir: 12% PEG2000MME, 100mM Sodium Acetate, 150mM Magnesium Sulfate, 100mM Hepes pH 7.0, 6% Glycerol and 2mM Beta-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.15 Å R-free 0.255
3L8B Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin 提交 2009-12-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；reservoir: 12% PEG2000MME, 100mM Sodium Acetate, 150mM Magnesium Sulfate, 100mM Hepes pH 7.0, 6% Glycerol and 2mM Beta-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.15 Å R-free 0.255
3LDS Crystal structure of RB69 gp43 with DNA and dATP opposite 8-oxoG 提交 2010-01-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, I563S DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；297 K；3% PEG 20000, 100mM sodium acetate, 100mM manganese acetate, 100mM Tris-HCl, 1% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.295
3LZI RB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dATP Opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine 提交 2010-03-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293.15 K；150 mM CaCl2, 11%(w/v) PEG 350 monomethyl ether MME, and 100 mM Na Cacodylate pH 6.5 , micro-batch vapor-diffusion, temperature 293.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
3LZJ RB69 DNA Polymerase (Y567A) ternary complex with dCTP Opposite 7,8-Dihydro-8-oxoguanine 提交 2010-03-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293.15 K；150 mM CaCl2, 14%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Na Cacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293.15K
分辨率 2.05 Å R-free 0.251
3NAE RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Guanidinohydantoin 提交 2010-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；15%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 150 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.231
3NCI RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite dG at 1.8 angstrom resolution 提交 2010-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa） 片段：DNA polymerase
突变：D222A, D327A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；8%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME),160 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.201
3NDK RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG 提交 2010-06-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
3NE6 RB69 DNA Polymerase (S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG 提交 2010-06-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, S565G, Y567A CA CALCIUM ION × 5 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3NGI RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dG 提交 2010-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 micro-batch vapor-diffusion；pH 6.5；293 K；13%(w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 150 mM CaCl2, 100 mM NaCacodylate (pH 6.5), micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.226
3NHG RB69 DNA Polymerase (S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dG 提交 2010-06-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；apply 7% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 175 mM CaCl2, and 100 mM NaCacodylate (pH 6.5) to crystal Y567A/S565G: P/T:dCTP ternary complex and then soak dTTP into the crystal to replace dCTP in the ternary complex, micro-batch vapor-diffusion, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.244
3QEI RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.18 Å R-free 0.238
3QEP RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
3QER RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.217
3QES RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dGTP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.218
3QET RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.08 Å R-free 0.217
3QEV RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.77 Å R-free 0.210
3QEW RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dDTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.205
3QEX RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dGTP Opposite dT 提交 2011-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.73 Å R-free 0.206
3QNN RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dGT Opposite 3tCo 提交 2011-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15%(w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.92 Å R-free 0.214
3QNO RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite 3tCo 提交 2011-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15%(w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.212
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMA Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；10-11 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 6-10 % glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.84 Å R-free 0.275
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMB Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；6.5 % PEG 2000 MME, 100 mM Na acetate, 150 mM MgSO4, 100 mM Hepes pH 7.2, 6% glycerol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMC Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4.5 % PEG 20,000, 150 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol and 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RMD Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol 提交 2011-04-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；297 K；4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.98 Å R-free 0.275
3RWU RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dATP Opposite Difluorotoluene Nucleoside 提交 2011-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.33 Å R-free 0.276
3S9H RB69 DNA Polymerase Triple Mutant(L561A/S565G/Y567A) ternary complex with dUpNpp and a dideoxy-terminated primer in the presence of Ca2+ 提交 2011-06-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L561A,S565G,Y567A CA CALCIUM ION × 7 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.213
3SCX RB69 DNA Polymerase Triple Mutant(L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the Presence of Ca2+ 提交 2011-06-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L561A,S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.35 Å R-free 0.259
3SI6 RB69 DNA Polymerase Triple Mutant (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the presence of Mg2+ 提交 2011-06-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3SJJ RB69 DNA Polymerase Triple Mutant (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp and a Deoxy-terminated Primer in the presence of Mn2+ 提交 2011-06-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G,Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.38 Å R-free 0.265
3SNN RB69 DNA Polymerase (L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite dG in the presence of Mg2+ 提交 2011-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；150 mM calcium chloride, 1% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, soak crystals with the same buffer containing 100 mM magnesium chloride instead of calcium chloride, MICROBATCH VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
3SPY RB69 DNA Polymerase(L415A/L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415A, L561A, S565G, Y567A UPC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]uridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.14 Å R-free 0.242
3SPZ DNA Polymerase(L415A/L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA (Ca2+) 提交 2011-07-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L415A, L561A, S565G, Y567A UPC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]uridine × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.43 Å R-free 0.257
3SQ0 DNA Polymerase(L561A/S565G/Y567A) Ternary Complex with dUpNpp Opposite dA (Mn2+) 提交 2011-07-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3SQ1 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dUpCpp Opposite dA 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：yes DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.82 Å R-free 0.213
3SQ2 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：yes TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3SQ4 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–902（902 aa）
突变：yes TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.23 Å R-free 0.238
3SUN RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–895（895 aa）
突变：Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.42 Å R-free 0.255
3SUO RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dTTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–900（900 aa）
突变：Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.23 Å R-free 0.255
3SUP RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite 2AP (GC rich sequence) 提交 2011-07-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.32 Å R-free 0.261
3SUQ RB69 DNA Polymerase (Y567A) Ternary Complex with dCTP Opposite 2AP (AT rich sequence) 提交 2011-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–897（897 aa）
突变：Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM calcium chloride, 15% w/v PEG350 MME, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.15 Å R-free 0.300
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAB 5-hydroxycytosine paired with dGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% PEG 2000-MME, 100 mM NaOAc, 100 mM MgSO4, 100 mM Hepes, 5% glycerol, 1 mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAE 5-hydroxycytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.71 Å R-free 0.268
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAF 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3TAG 5-fluorocytosine paired with dAMP in RB69 gp43 提交 2011-08-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 D 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.284
3UIQ RB69 DNA Polymerase Ternary Complex containing dUpNpp 提交 2011-11-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150mM CaCl2, 15% PEG 350 MME, 100mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.220
4DTJ RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite an Abasic Site and ddT/dA as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.202
4DTM RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddG/dC as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4DTN RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.216
4DTO RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.225
4DTP RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dGTP Opposite an Abasic Site and ddA/dT as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.229
4DTR RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.228
4DTS RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, L565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.206
4DTU RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dGTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.86 Å R-free 0.201
4DTX RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dTTP Opposite an Abasic Site and ddC/dG as the Penultimate Base-pair 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.206
4DU1 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite dT 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4DU3 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dDTP Opposite dT with 3-Deaza-adenine at the N-1 Position of Template Strand 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.227
4DU4 RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dATP Opposite dT with 3-Deaza-adenine at the N-3 Position of Primer Strand 提交 2012-02-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.28 Å R-free 0.249
4E3S RB69 DNA Polymerase Ternary Complex with dQTP Opposite dT 提交 2012-03-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：L561A, S565G, Y567A QTP 3-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-erythro-pentofuranosyl}-7-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150mM CaCl2, 15% PEG350 MME, 100mM sodium cacodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.219
4FJ5 RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.238
4FJ7 RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4FJ8 RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.252
4FJ9 RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dT 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.97 Å R-free 0.235
4FJG RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.264
4FJH RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.11 Å R-free 0.223
4FJI RB69 DNA polymerase ternary complex with dcTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
4FJJ RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dC 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.225
4FJK RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
4FJL RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.87 Å R-free 0.223
4FJM RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.02 Å R-free 0.232
4FJN RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dA 提交 2012-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.240
4FJX RB69 DNA polymerase ternary complex with dATP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.11 Å R-free 0.225
4FK0 RB69 DNA polymerase ternary complex with dCTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.18 Å R-free 0.252
4FK2 RB69 DNA polymerase ternary complex with dTTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.225
4FK4 RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dG 提交 2012-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.222
4I9L Crystal structure of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, D714A GMP GUANOSINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；1.65 M AMMONIUM SULPHATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.05 M SODIUM CITRATE DIHYDROGEN, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
4I9Q Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A D327A,Y567A,D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；10% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.287
4I9Q Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2012-12-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A D327A,Y567A,D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；10% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.287
4J2A RB69 DNA Polymerase L415A Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415A, D222A, D327A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
4J2B RB69 DNA Polymerase L415G Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa） 片段：RB69 DNA polymerase
突变：L415G, D222A, D327A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate (pH6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.220
4J2D RB69 DNA Polymerase L415K Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa）
突变：L415K, D222A, D327A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Cacodylate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.76 Å R-free 0.197
4J2E RB69 DNA Polymerase L415M Ternary Complex 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–901（901 aa） 片段：RB69 DNA polymerase
突变：L415M, D222A, D327A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 15% PEG350 monomethyl ether (MME), and 100 mM Sodium Carcodylate (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.213
4KHN Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2013-04-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A, D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12% PEG 8000, 0.1 M MES, 0.2 Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6
分辨率 2.55 Å R-free 0.211
4KHN Crystal structure of the ternary complex of the D714A mutant of RB69 DNA polymerase 提交 2013-04-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–903（903 aa）
突变：D222A, D327A, Y567A, D714A XG4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12% PEG 8000, 0.1 M MES, 0.2 Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6
分辨率 2.55 Å R-free 0.211
4KHQ Ternary complex of RB69 mutant L415F wit DUMPNPP 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F CA CALCIUM ION × 3 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS, PH 7.5, 10% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.212
4KHS Ternary complex of RB69 mutant L415F with a ribonucleotide at 0 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F CA CALCIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 10% PEG350, 220 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 7.5, temperature 298K
分辨率 2.12 Å R-free 0.216
4KHU Ternary complex of rb69 mutant L415F with a ribonucleotide at -1 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；50 MM TRIS-HCL, 13% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.247
4KHW Ternary complex of RB69 mutant L415F with ribonucleotide at -2 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；50 MM TRIS-HCL, 19% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE,, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.37 Å R-free 0.224
4KHY Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotide at -3 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：YES TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 17.5% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.241
4KI4 Ternary complex of rb69 mutant L415F with ribonucleotides at 0 and -1 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；50 MM TRIS-HCL, 16% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.45 Å R-free 0.221
4KI6 Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 and -2 position 提交 2013-05-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D327A, D222A, L415F TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50 MM TRIS-HCL, 16% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.55 Å R-free 0.233
4M3R RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-1 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.07 Å R-free 0.221
4M3T RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-2 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
4M3U RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-3 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
4M3W RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-4 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.220
4M3X RB69 DNA polymerase ternary complex with dT/dG at position n-5 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.241
4M3Y RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-1 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.86 Å R-free 0.221
4M3Z RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-2 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.84 Å R-free 0.207
4M41 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-3 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.237
4M42 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-4 of primer/tempLate duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.224
4M45 RB69 DNA polymerase ternary complex with dG/dT at position n-5 of primer/template duplex 提交 2013-08-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–903（903 aa）
突变：D222A,D327A,L415A,L561A,S565G,Y567A ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；150 mM CaCl2, 12% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.89 Å R-free 0.214
7F4Y Crystal structure of replisomal dimer of DNA polymerase from bacteriophage RB69 with DNA duplexes 提交 2021-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 1–903（903 aa）
链 B 1–903（903 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；sodium acetate, isopropanol, magnesium chloride, sodium chloride, spermine tetrahydrochloride
分辨率 2.20 Å R-free 0.245

共 120 个其他 PDB 条目、166 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOL_BPR69
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–903； UniProt 1–903

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cfr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cfr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cfr
沉积日期 deposition_date2008-03-04
结构标题 titleStructure of the replicating complex of a POL Alpha family DNA Polymerase, ternary complex 2
关键词 keywordsDNA POLYMERASE, CATALYTIC COMPLEX, FIDELITY, TWO METAL ION MECHANISM, Transferase-DNA COMPLEX; Transferase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.60 Å
零角强度 I(0) i0221423000.00
分子量 molecular_weight114260.0 kDa
排除体积 excluded_volume140930 ų
包络体积 envelope_volume178430 ų
水化壳体积 shell_volume46747 ų
包络直径 envelope_diameter109.0 Å
壳层 Rg shell_rg39.27 Å
包络 Rg envelope_rg30.60 Å
形状 Rg shape_rg30.61 Å
总 Rg total_rg31.29 Å
总原子数 total_atoms8007
残基数 n_residues931
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.4 Å
Rg (实空间) rg_real31.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal221400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.0 Å
偏度 Skewness skewness0.107
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35050000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3cfrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology342 — DNA Polymerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Polymerase, chain B, domain 1
结构域编号 domain_id3cfrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id3cfrA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — B family DNA polymerase, palm domain
结构域编号 domain_id3cfrA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily690 — B family DNA polymerase, finger domain
结构域编号 domain_id3cfrA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 —
结构域编号 domain_id3cfrA06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1820 — Ribonuclease H-like motif
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)