3chx

Crystal structure of Methylosinus trichosporium OB3b particulate methane monooxygenase (pMMO)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PmoB

Methylosinus trichosporium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	PmoA × 3 （Q50541） PmoC × 3 （Q9KX51） 20-residue peptide × 3 26-residue peptide × 3 COPPER (II) ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KX50_METTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–392； UniProt 40–431 作者链 E； PDB构建体 1–392； UniProt 40–431 作者链 I； PDB构建体 1–392； UniProt 40–431

PmoA

Methylosinus trichosporium

UniProt Q50541

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	PmoB × 3 （Q9KX50） PmoC × 3 （Q9KX51） 20-residue peptide × 3 26-residue peptide × 3 COPPER (II) ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q50541_METTR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252 作者链 F； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252 作者链 J； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252

PmoC

Methylosinus trichosporium

UniProt Q9KX51

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	PmoB × 3 （Q9KX50） PmoA × 3 （Q50541） 20-residue peptide × 3 26-residue peptide × 3 COPPER (II) ION × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KX51_METTR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 K； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3chx
沉积日期 deposition_date	2008-03-10
结构标题 title	Crystal structure of Methylosinus trichosporium OB3b particulate methane monooxygenase (pMMO)
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, METHANE, BETA BARREL; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3chx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3chx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3chx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.13 Å
Rg（电子密度）	40.22 Å
总 Rg	40.81 Å
原子数	18945
残基数	2415
排除体积	340680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3chx__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PmoB
分子量 formula_weight	43181.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	18945

HGEKSQQAFLRMRTLNWYDVKWSKTSLNVNESMVLSGKVHVFSAWPQAVANPKSSFLNAGEPGPVLVRTAQFIGEQFAPRSVSLEVGKDYAFSIDLKARRAGRWHVHAQINVEGGGPIIGPGQWIEIKGDMADFKDPVTLLDGTTVDLETYGIDRIYAWHFPWMIAAAAWILYWFFKKGIIASYLRISEGKDEEQIGDDDRRVGAIVLAVTILATIIGYAVTNSTFPRTIPLQAGLQKPLTPIIEEGTAGVGPHVVTAELKGGVYKVPGRELTIQVKVTNKTDEPLKLGEYTAAGLRFLNPDVFTTKPEFPDYLLADRGLSTDPTPLAPGETKTIEVKVQDARWDIERLSDLAYDTDSQIGGLLMFFSPSGKRYATEIGGPVIPKFVAGDMP

来源 Source

来源生物 organism

Methylosinus trichosporium

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PmoA
分子量 formula_weight	28524.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

MFTSKSGGAIGPFHSVAEAAGCVKTTDWMFLTLLFLAVLGGYHIHFMLTAGDWDFWVDWKDRRMWPTVVPILGVTFAAAAQAFFWENFKLPFGATFAVSGLLIGEWINRYCNFWGWTYFPISLVFPSALVVPALWLDIIMLLSGSYVITAVVGSLGWGLLFYPNNWPAIAALHQATEQHGQLMSLADLVGFHFVRTSMPEYIRMVERGTLRTFGKEVVPVAAFFSGFVSMMVYFLWWFVGKWYSTTKVIQKI

来源 Source

来源生物 organism

Methylosinus trichosporium

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PmoC
分子量 formula_weight	29024.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MSVTTETTAGAAAGSDAIVDLRGMWVGVAGLNIFYLIVRIYEQIYGWRAGLDSFAPEFQTYWLSILWTEIPLELVSGLALAGWLWKTRDRNVDAVAPREELRRHVVLVEWLVVYAVAIYWGASFFTEQDGTWHMTVIRDTDFTPSHIIEFYMSYPIYSIMAVGAFFYAKTRIPYFAHGFSLAFLIVAIGPFMIIPNVGLNEWGHTFWFMEELFVAPLHWGFVFFGWMALGVFGVVLQILMGVKRLIGKDCVAALVG

来源 Source

来源生物 organism

Methylosinus trichosporium

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	20-residue peptide
分子量 formula_weight	1720.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism

Methylosinus trichosporium

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	26-residue peptide
分子量 formula_weight	2230.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism

Methylosinus trichosporium

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	3chxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	3chxA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3chxA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	3chxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	3chxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

结构域编号 domain_id	3chxE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	3chxE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3chxE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	3chxF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	3chxG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

结构域编号 domain_id	3chxI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	3chxI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	3chxI03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	3chxJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	3chxK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

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晶胞边长 a length_a	113.810 Å
晶胞边长 b length_b	184.070 Å
晶胞边长 c length_c	203.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	38.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3420
R_free r_free	0.3770

Crystal structure of Methylosinus trichosporium OB3b particulate methane monooxygenase (pMMO)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PmoB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PmoA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PmoC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3chx__assembly_1__model_1

3chx__assembly_1__model_1 | I(q)

3chx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)