3cl5

Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4,9-O-diacetyl sialic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin-esterase

Bovine coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 2 POTASSIUM ION × 2 ACETIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMA_CVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–370； UniProt 19–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cl5
沉积日期 deposition_date	2008-03-18
结构标题 title	Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4,9-O-diacetyl sialic acid
关键词 keywords	SGNH-hydrolase fold, Swiss roll, Envelope protein, Glycoprotein, Hemagglutinin, Membrane, Transmembrane, Virion, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cl5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cl5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cl5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.19 Å
Rg（电子密度）	28.09 Å
总 Rg	28.84 Å
原子数	5982
残基数	716
排除体积	105530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cl5__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin-esterase
分子量 formula_weight	42630.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.53
突变 mutation	S40A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3272

FDNPPTNVVSHLNGDWFLFGDARSDCNHVVNTNPRNYSYMDLNPALCDSGKISSKAGNSIFRSFHFTDFYNYTGEGQQIIFYEGVNFTPYHAFKCTTSGSNDIWMQNKGLFYTQVYKNMAVYRSLTFVNVPYVYNGSAQSTALCKSGSLVLNNPAYIAREANFGDYYYKVEADFYLSGCDEYIVPLCIFNGKFLSNTKYYDDSQYYFNKDTGVIYGLNSTETITTGFDFNCHYLVLPSGNYLAISNELLLTVPTKAICLNKRKDFTPVQVVDSRWNNARQSDNMTAVACQPPYCYFRNSTTNYVGVYDINHGDAGFTSILSGLLYDSPCFSQQGVFRYDNVSSVWPLYSYGRCPTAADINTPDVPICVYDSDPLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Bovine coronavirus
通用名 common_name	strain Mebus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11128
宿主生物 host_organism	Homo Sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid
分子量 formula_weight	407.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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晶胞边长 a length_a	89.240 Å
晶胞边长 b length_b	89.240 Å
晶胞边长 c length_c	280.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1712
R_work r_work	0.1703
R_free r_free	0.1883

Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4,9-O-diacetyl sialic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin-esterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cl5__assembly_1__model_1

3cl5__assembly_1__model_1 | I(q)

3cl5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Structure of coronavirus hemagglutinin-esterase in complex with 4,9-O-diacetyl sialic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin-esterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cl5__assembly_1__model_1

3cl5__assembly_1__model_1 | I(q)

3cl5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)