SAXSdb — 3clj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein NRD1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–151	片段：CTD-interacting domain, unp residues 6-151	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Na-citrate buffer, 1.4 M (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CLJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LO6 Structure of Nrd1 CID bound to phosphorylated RNAP II CTD 提交 2012-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）片段：CID domain residues 1-154	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nrd1 polypeptide, 2.3 mM phosphopeptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M88 NMR structure of a two-domain RNA-binding fragment of Nrd1 提交 2013-05-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–491（185 aa）片段：UNP residues 307-491	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MOW Structure of Nrd1p CID - Trf4p NIM complex 提交 2014-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）片段：CID (UNP residues 1-153)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM Trf4p, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nrd1p, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5O1T Solution structure of the RNA binding domain of Nrd1 提交 2017-05-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–468（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）59.1；压力 1 NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 800 uM Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Phe and Leu residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Ile residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Arg residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5O1W Structure of Nrd1 RNA binding domain 提交 2017-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 301–489（189 aa）片段：UNP residues 301-489	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；12% PEG 8000, 0.1 M Bicine pH 9	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
5O1X Structure of Nrd1 RNA binding domain 提交 2017-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–468（179 aa）片段：UNP residues 290-468	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SCN THIOCYANATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Potassium Thiocyanate, 23% PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
5O1Y Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (GUAA) 提交 2017-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 290–468（179 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4	分辨率 2.45 Å R-free 0.217
5O1Z Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (CGUAAA) 提交 2017-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 290–468（179 aa）片段：UNP residues 290-468	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4	分辨率 3.40 Å R-free 0.216
5O20 Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (UUAGUAAUCC) 提交 2017-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 290–468（179 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4	分辨率 3.53 Å R-free 0.269
6GC3 Structure of Nrd1 CID - Sen1 NIM complex 提交 2018-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CTD-interacting domain of Nrd1, 1.5 mM ASP-ASP-ASP-GLU-ASP-ASP-TYR-THR-PRO-SER-ILE-SER, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 6–156（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.204
6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–156（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.204
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 6–156（151 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–156（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 6–156（151 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 6–156（151 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–156（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 6–156（151 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000	分辨率 2.80 Å R-free 0.300

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–147； UniProt 6–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3clj
沉积日期 deposition_date	2008-03-19
结构标题 title	Structure of the RNA polymerase II CTD-interacting domain of Nrd1
关键词 keywords	CTD-interacting domain, Nucleus, Phosphoprotein, RNA POLYMERASE II binding protein, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.90 Å
零角强度 I(0) i0	5459780.00
分子量 molecular_weight	16817.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21100 Å³
包络体积 envelope_volume	23515 Å³
水化壳体积 shell_volume	13404 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.77 Å
包络 Rg envelope_rg	15.17 Å
形状 Rg shape_rg	14.85 Å
总 Rg total_rg	16.14 Å
总原子数 total_atoms	1178
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4600e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6400e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	766100.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein NRD1
分子量 formula_weight	17725.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1260

MDFQNFVATLESFKDLKSGISGSRIKKLTTYALDHIDIESKIISLIIDYSRLCPDSHKLGSLYIIDSIGRAYLDETRSNSNSSSNKPGTCAHAINTLGEVIQELLSDAIAKSNQDHKEKIRMLLDIWDRSGLFQKSYLNAIRSKCFAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3cljA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.200 Å
晶胞边长 b length_b	80.200 Å
晶胞边长 c length_c	62.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1929
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2200

fit	/app/data/saxs_computation/cl/3clj/3clj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/3clj/3clj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/3clj/3clj.dat

Structure of the RNA polymerase II CTD-interacting domain of Nrd1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein NRD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction