3cm9

Solution Structure of Human SIgA2

Method: SOLUTION SCATTERING Dmax: 236.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Secretory component

物种未注明

UniProt P01833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 353–458 链 S; UniProt 19–603 片段:Ig-like V-type domain 4 Immunoglobulin heavy chain × 4 Immunoglobulin light chain × 4 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIGR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2, 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–106; UniProt 353–458 作者链 S; PDB构建体 1–585; UniProt 19–603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cm9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cm9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cm9
沉积日期 deposition_date2008-03-21
结构标题 titleSolution Structure of Human SIgA2
关键词 keywords;Secretory IgA2; Secretory IgA1; IgA; mucosal immunity; X-ray and neutron scattering; constrained modelling, Glycoprotein, Immunoglobulin C region, Immunoglobulin domain, Membrane, Phosphoprotein, Secreted, Transmembrane, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodSOLUTION SCATTERING

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier83.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron83.06
零角强度 I(0) i0191856000000.00
分子量 molecular_weight3684100.0 kDa
排除体积 excluded_volume4469800 ų
包络体积 envelope_volume961800 ų
水化壳体积 shell_volume108960 ų
包络直径 envelope_diameter267.0
壳层 Rg shell_rg70.58
包络 Rg envelope_rg73.56
形状 Rg shape_rg83.22
总 Rg total_rg83.04
总原子数 total_atoms
残基数 n_residues
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax236.7
Rg (实空间) rg_real82.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.29
I(0) (实空间) i0_real1.9040e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7110e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal81.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal190900000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8478
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary99.7
偏度 Skewness skewness0.275
峰度 Kurtosis kurtosis-0.563
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0651
最高正则化参数 α highest_alpha60420000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.031

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)