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3cpf

Crystal structure of human eukaryotic translation initiation factor EIF5A

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

Homo sapiens

UniProt P63241

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 15–151 片段：Residues 15-151 UNX UNKNOWN LIGAND × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate. Cryoprotected with 20% PEG 3350 and 20% Ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.300
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 15–151 片段：Residues 15-151 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate. Cryoprotected with 20% PEG 3350 and 20% Ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3CPF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5DLQ Crystal structure of RanGTP-Exportin 4-eIF5A complex 提交 2015-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 45–184（140 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；293 K；Peg 400, MES
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；293 K；Peg 400, MES, DTT
分辨率 3.20 Å R-free 0.270
5DLQ Crystal structure of RanGTP-Exportin 4-eIF5A complex 提交 2015-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 45–184（140 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；293 K；Peg 400, MES
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.26；293 K；Peg 400, MES, DTT
分辨率 3.20 Å R-free 0.270
8Y0W dormant ribosome with eIF5A, eEF2 and SERBP1 提交 2024-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：81-meric
链 5 1–154（154 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 226 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH7.5, 100mM KOAc, 5mM Mg(OAc)2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IF5A1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–138； UniProt 15–151 作者链 B； PDB构建体 2–138； UniProt 15–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cpf
沉积日期 deposition_date2008-03-31
结构标题 titleCrystal structure of human eukaryotic translation initiation factor EIF5A
关键词 keywordsStructural Genomics Consortium, leukemia, apoptosis, SGC, Hypusine, Initiation factor, Nucleus, Protein biosynthesis, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3cpfa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.5 — Translation proteins SH3-like domain
家族 Family familyb.34.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3cpfa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3cpfb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.5 — Translation proteins SH3-like domain
家族 Family familyb.34.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3cpfb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3cpfA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id3cpfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id3cpfB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id3cpfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)