SAXSdb — 3cr7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenylyl-sulfate kinase

Penicillium chrysogenum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–211 链 B； UniProt 23–211	片段：UNP residues 23-211	CL CHLORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；bis tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–211 链 D； UniProt 23–211	片段：UNP residues 23-211	CL CHLORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；bis tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CR7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D6J CRYSTAL STRUCTURE OF ADENOSINE 5'-PHOSPHOSULFATE (APS) KINASE FROM PENICILLIUM CHRYSOGENUM 提交 1999-10-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH；pH 6；298 K；1.0 M NA/K TARTRATE, O.1 M MES, PH 6.0, 0.5% POLYETHYLINIMINE, BATCH, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 1 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 1 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7G Crystal structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Ternary structure with ADP and APS 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 AV2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2',3'-VANADATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1M7H Crystal Structure of APS kinase from Penicillium Chrysogenum: Structure with APS soaked out of one dimer 提交 2002-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–211（211 aa）链 B 1–211（211 aa）链 C 1–211（211 aa）链 D 1–211（211 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ADX ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；Na monobasic phosphate, K dibasic phosphate, succinate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.258

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAPS_PENCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 23–211 作者链 B； PDB构建体 1–189； UniProt 23–211 作者链 C； PDB构建体 1–189； UniProt 23–211 作者链 D； PDB构建体 1–189； UniProt 23–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cr7
沉积日期 deposition_date	2008-04-04
结构标题 title	Crystal structure of N-terminal truncation of APS Kinase from Penicillium chrysogenum: Ternary structure with ADP and PAPS
关键词 keywords	;APS kinase, Adenylylsulfate kinase, Transferase, sulfate metabolism, Nucleotide 2 kinase, Amino-acid biosynthesis, ATP-binding, Cysteine biosynthesis, Methionine biosynthesis, Nucleotide-binding, Phosphoprotein ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.25 Å
零角强度 I(0) i0	113088000.00
分子量 molecular_weight	81170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100500 Å³
包络体积 envelope_volume	123630 Å³
水化壳体积 shell_volume	36052 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.05 Å
包络 Rg envelope_rg	27.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.27 Å
总 Rg total_rg	28.96 Å
总原子数 total_atoms	5721
残基数 n_residues	721
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	113100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9067
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Adenylyl-sulfate kinase
分子量 formula_weight	22354.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6230

QRGLTIWLTGLSASGKSTLAVELEHQLVRDRRVHAYRLDGDNIRFGLNKDLGFSEADRNENIRRIAEVAKLFADSNSIAITSFISPYRKDRDTARQLHEVATPGEETGLPFVEVYVDVPVEVAEQRDPKGLYKKAREGVIKEFTGISAPYEAPANPEVHVKNYELPVQDAVKQIIDYLDTKGYLPAKKELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Penicillium chrysogenum
通用名 common_name	Penicillium notatum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5076
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE ;
分子量 formula_weight	507.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	495

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3cr7a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

结构域编号 domain_id	d3cr7b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

结构域编号 domain_id	d3cr7c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

结构域编号 domain_id	d3cr7d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.4 — Adenosine-5'phosphosulfate kinase (APS kinase)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3cr7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cr7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cr7C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cr7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.580 Å
晶胞边长 b length_b	82.594 Å
晶胞边长 c length_c	139.009 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	31.715 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/cr/3cr7/3cr7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cr/3cr7/3cr7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cr/3cr7/3cr7.dat

Crystal structure of N-terminal truncation of APS Kinase from Penicillium chrysogenum: Ternary structure with ADP and PAPS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenylyl-sulfate kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction