SAXSdb — 3csm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–256 链 B； UniProt 1–256	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–256	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–256	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CSM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSM THE CRYSTAL STRUCTURE OF ALLOSTERIC CHORISMATE MUTASE AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.310
2CSM TYR-BOUND T-STATE OF YEAST CHORISMATE MUTASE 提交 1995-11-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）	未记录	TYR TYROSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.321
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	未记录	TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–256（256 aa）	未记录	TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）	未记录	TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
5CSM YEAST CHORISMATE MUTASE, T226S MUTANT, COMPLEX WITH TRP 提交 1997-07-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：T226S	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；HANGING DROP, 19 % PEG 3350, 3 MM DTT, 0.16 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 16 MM TRYPTOPHAN, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.236

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHMU_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 B； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3csm
沉积日期 deposition_date	1997-07-10
结构标题 title	STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR
关键词 keywords	;CHORISMATE PYRUVATEMUTASE, ALLOSTERIC PROTEIN, COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE), TRANSITION STATE ANALOG, COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) complex ;; COMPLEX (ISOMERASE/PEPTIDE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.81 Å
零角强度 I(0) i0	53405300.00
分子量 molecular_weight	59547.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75697 Å³
包络体积 envelope_volume	93180 Å³
水化壳体积 shell_volume	29438 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.70 Å
包络 Rg envelope_rg	26.72 Å
形状 Rg shape_rg	26.81 Å
总 Rg total_rg	27.56 Å
总原子数 total_atoms	4206
残基数 n_residues	504
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6796
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.383
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9427000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.837

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHORISMATE MUTASE
分子量 formula_weight	29958.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4206

MDFTKPETVLNLQNIRDELVRMEDSIIFKFIERSHFATCPSVYEANHPGLEIPNFKGSFLDWALSNLEIAHSRIRRFESPDETPFFPDKIQKSFLPSINYPQILAPYAPEVNYNDKIKKVYIEKIIPLISKRDGDDKNNFGSVATRDIECLQSLSRRIHFGKFVAEAKFQSDIPLYTKLIKSKDVEGIMKNITNSAVEEKILERLTKKAEVYGVDPTERRIERRITPEYLVKIYKEIVIPITKEVEVEYLLRRLEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHAN
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3csma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.130 — Chorismate mutase II
超家族 Superfamily superfamily	a.130.1 — Chorismate mutase II
家族 Family family	a.130.1.2 — Allosteric chorismate mutase

结构域编号 domain_id	d3csmb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.130 — Chorismate mutase II
超家族 Superfamily superfamily	a.130.1 — Chorismate mutase II
家族 Family family	a.130.1.2 — Allosteric chorismate mutase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3csmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	590 — Chorismate Mutase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic

结构域编号 domain_id	3csmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	590 — Chorismate Mutase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	203.500 Å
晶胞边长 b length_b	203.500 Å
晶胞边长 c length_c	128.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/cs/3csm/3csm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cs/3csm/3csm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cs/3csm/3csm.dat

STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction