SAXSdb — 3ct4

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK

Lactococcus lactis subsp. lactis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	Dihydroxyacetone × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	Dihydroxyacetone × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	Dihydroxyacetone × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	Dihydroxyacetone × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHAK_LACLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332 作者链 B； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332 作者链 C； PDB构建体 1–332； UniProt 1–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ct4
沉积日期 deposition_date	2008-04-11
结构标题 title	Structure of Dha-kinase subunit DhaK from L. Lactis
关键词 keywords	PTS dependent, dihydroxyacetone kinase subunit, tranferase, covalently linked 2HA, Glycerol metabolism, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ct4__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ct4__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ct4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.04 Å
Rg（电子密度）	26.06 Å
总 Rg	26.86 Å
原子数	4892
残基数	636
排除体积	87834 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ct4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ct4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ct4__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3ct4__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK
分子量 formula_weight	36280.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7703

MSDEKIINQPQDVVSEMLDGLTYAYGDLIEKVPDFEIIQRKSPKSGKVALVSGGGSGHEPAHAGFVGEGMLSAAVCGAIFTSPTPDQIYEAIKSADEGAGVLLIIKNYLGDVMNFEMAREMAEMEEIKVEQIIVDDDIAVENSLYTQGRRGVAGTVLVHKILGAAAHQEASLDEIKDLADKVVKNIKTIGLALSAATVPEVGKPGFVLDDNEIEYGVGIHSEPGYRREKMKTSYELATELVGKLKEEFKFEAGQKYGILVNGMGATPLMEQFIFMNDVAKLLTEENIEILFKKVGNYMTSIDMAGLSLTMIKLEDDQWLKNLNEDVKTISWG

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
通用名 common_name	Streptococcus lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	Dihydroxyacetone
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	365

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3ct4a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.119 — DAK1/DegV-like
超家族 Superfamily superfamily	c.119.1 — DAK1/DegV-like
家族 Family family	c.119.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3ct4b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.119 — DAK1/DegV-like
超家族 Superfamily superfamily	c.119.1 — DAK1/DegV-like
家族 Family family	c.119.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3ct4c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.119 — DAK1/DegV-like
超家族 Superfamily superfamily	c.119.1 — DAK1/DegV-like
家族 Family family	c.119.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3ct4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10440 — Dihydroxyacetone kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3ct4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1180 — Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydroxyacetone kinase; domain 2

结构域编号 domain_id	3ct4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10440 — Dihydroxyacetone kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3ct4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1180 — Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydroxyacetone kinase; domain 2

结构域编号 domain_id	3ct4C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10440 — Dihydroxyacetone kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3ct4C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1180 — Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydroxyacetone kinase; domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	107.802 Å
晶胞边长 b length_b	107.802 Å
晶胞边长 c length_c	142.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.498 Å
最低分辨率 resolution_low	44.372 Å
R 因子 r_factor	0.2038
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2670

Structure of Dha-kinase subunit DhaK from L. Lactis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ct4__assembly_3__model_1

3ct4__assembly_3__model_1 | I(q)

3ct4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Dha-kinase subunit DhaK from L. Lactis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit dhaK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ct4__assembly_3__model_1

3ct4__assembly_3__model_1 | I(q)

3ct4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)