3cue

Crystal structure of a TRAPP subassembly activating the Rab Ypt1p

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transport protein particle 23 kDa subunit

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRS23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 G； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 M； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 S； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

Transport protein particle 31 kDa subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03337

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRS31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 H； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 N； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 T； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

Transport protein particle 18 kDa subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BET5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 I； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 O； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 U； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

Transport protein particle 22 kDa subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P36149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BET3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 E； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 J； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 K； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 P； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 Q； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 V； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 W； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193

GTP-binding protein YPT1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P01123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transport protein particle 23 kDa subunit × 1 （Q03784） Transport protein particle 31 kDa subunit × 1 （Q03337） Transport protein particle 18 kDa subunit × 1 （Q03630） Transport protein particle 22 kDa subunit × 2 （P36149） PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	YPT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 L； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 R； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206 作者链 X； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cue
沉积日期 deposition_date	2008-04-16
结构标题 title	Crystal structure of a TRAPP subassembly activating the Rab Ypt1p
关键词 keywords	;membrane traffic, GEF, tethering complex, Rab activation, guanine nucleotide exchange factor, Endoplasmic reticulum, ER-Golgi transport, Golgi apparatus, Transport, Lipoprotein, Palmitate, GTP-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Prenylation, Protein transport ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cue__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cue__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cue__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.99 Å
Rg（电子密度）	36.90 Å
总 Rg	37.15 Å
原子数	8194
残基数	1009
排除体积	147060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cue__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cue__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3cue__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3cue__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transport protein particle 23 kDa subunit
分子量 formula_weight	24889.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,M,S
原子数 atom_count	32776

MAIETILVINKSGGLIYQRNFTNDEQKLNSNEYLILASTLHGVFAIASQLTPKALQLTQQTNIENTIPYIPYVGMSSNRSDTRNGGGNNNKHTNNEKLGSFKGDDFFKEPFTNWNKSGLRQLCTDQFTMFIYQTLTGLKFVAISSSVMPQRQPTIATTDKPDRPKSTSNLAIQIADNFLRKVYCLYSDYVMKDPSYSMEMPIRSNLFDEKVKKMVENLQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transport protein particle 31 kDa subunit
分子量 formula_weight	31755.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,N,T

MSQRIIQPSASDQQFPGKSDGYEYTVGPKQAITSEASTTYIPSRIYSESLLFKRQEASLSAMAFLFQEMISQLHRTCKTAGDFETKLSDYGHNIGIRLLELLNFRASVSPSSLPRASAFLSQNESSSKLSNASNSPGMLANSSTATSASANERLQEKQTESLSNYITKMRRRDLKILDILQFIHGTLWSYLFNHVSDDLVKSSERDNEYMIVDNFPTLTQFIPGENVSCEYFVCGIIKGFLFNAGFPCGVTAHRMPQGGHSQRTVYLIQFDRQVLDREGLRFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transport protein particle 18 kDa subunit
分子量 formula_weight	18453.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I,O,U

MGIYSFWIFDRHCNCIFDREWTLASNSASGTINSKQNEEDAKLLYGMIFSLRSITQKLSKGSVKNDIRSISTGKYRVHTYCTASGLWFVLLSDFKQQSYTQVLQYIYSHIYVKYVSNNLLSPYDFAENENEMRGQGTRKITNRNFISVLESFLAPMVNQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transport protein particle 22 kDa subunit
分子量 formula_weight	22152.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,J,K,P,Q,V,W

MVSTTQSRSLKAMGEEIWKNKTEKINTELFTLTYGSIVAQLCQDYERDFNKVNDHLYSMGYNIGCRLIEDFLARTALPRCENLVKTSEVLSKCAFKIFLNITPNITNWSHNKDTFSLILDENPLADFVELPMDAMKSLWYSNILCGVLKGSLEMVQLDCDVWFVSDILRGDSQTEIKVKLNRILKDEIPIGED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	GTP-binding protein YPT1
分子量 formula_weight	23240.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L,R,X

MNSEYDYLFKLLLIGNSGVGKSCLLLRFSDDTYTNDYISTIGVDFKIKTVELDGKTVKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGSHGIIIVYDVTDQESFNGVKMWLQEIDRYATSTVLKLLVGNKCDLKDKRVVEYDVAKEFADANKMPFLETSALDSTNVEDAFLTMARQIKESMSQQNLNETTQKKEDKGNVNLKGQSLTNTGGGCC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3cuef1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3cuel1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3cuer1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d3cuex1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3cueA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cueG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cueM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cueS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3cueV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	3cueX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	115.120 Å
晶胞边长 b length_b	115.400 Å
晶胞边长 c length_c	290.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2650
R_work r_work	0.2650
R_free r_free	0.2990

Crystal structure of a TRAPP subassembly activating the Rab Ypt1p

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transport protein particle 23 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transport protein particle 31 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transport protein particle 18 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transport protein particle 22 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTP-binding protein YPT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cue__assembly_2__model_1

3cue__assembly_2__model_1 | I(q)

3cue__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)