SAXSdb — 3cv0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

Trypanosoma brucei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	T. brucei PGI PTS1 peptide Ac-FNELSHL × 1 （P13377） 1,2-ETHANEDIOL × 12 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9U7C3_9TRYP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–327； UniProt 332–655

T. brucei PGI PTS1 peptide Ac-FNELSHL

物种未注明

UniProt P13377

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5 × 1 （Q9U7C3） 1,2-ETHANEDIOL × 12 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G6PI_TRYBB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–7； UniProt 601–607

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cv0
沉积日期 deposition_date	2008-04-17
结构标题 title	Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to T. brucei Phosphoglucoisomerase (PGI) PTS1 peptide
关键词 keywords	TPR motifs, TPR protein, Peroxin 5, PEX5, PTS1 binding domain, Protein-peptide complex, Receptor, TPR repeat, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cv0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cv0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.83 Å
Rg（电子密度）	20.04 Å
总 Rg	20.91 Å
原子数	2425
残基数	306
排除体积	42773 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cv0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5
分子量 formula_weight	36545.8 kDa
突变 mutation	K378A/E379A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2579

GHMLQNNTDYPFEANNPYMYHENPMEEGLSMLKLANLAEAALAFEAVCQAAPEREEAWRSLGLTQAENEKDGLAIIALNHARMLDPKDIAVHAALAVSHTNEHNANAALASLRAWLLSQPQYEQLGSVNLQADVDIDDLNVQSEDFFFAAPNEYRECRTLLHAALEMNPNDAQLHASLGVLYNLSNNYDSAAANLRRAVELRPDDAQLWNKLGATLANGNRPQEALDAYNRALDINPGYVRVMYNMAVSYSNMSQYDLAAKQLVRAIYMQVGGTTPTGEASREATRSMWDFFRMLLNVMNRPDLVELTYAQNVEPFAKEFGLQSMLL

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T. brucei PGI PTS1 peptide Ac-FNELSHL
分子量 formula_weight	859.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FNELSHL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3cv0a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d3cv0a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3cv0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

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晶胞边长 a length_a	45.405 Å
晶胞边长 b length_b	66.404 Å
晶胞边长 c length_c	52.117 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.190 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2340

Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to T. brucei Phosphoglucoisomerase (PGI) PTS1 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T. brucei PGI PTS1 peptide Ac-FNELSHL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cv0__assembly_1__model_1

3cv0__assembly_1__model_1 | I(q)

3cv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to T. brucei Phosphoglucoisomerase (PGI) PTS1 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T. brucei PGI PTS1 peptide Ac-FNELSHL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cv0__assembly_1__model_1

3cv0__assembly_1__model_1 | I(q)

3cv0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)