SAXSdb — 3cvv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RE11660p

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(DAPDCPDAPDGPDCPDGPDGP(64T)P(5PY)PDGPDCPDAPDGPDGPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDCPDCPDTPDGPDCPDAPDAPDCPDCPDGPDCPDTPDG)-3') ; × 1 1,2-ETHANEDIOL × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 1-deoxy-1-(8-hydroxy-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-D-ribitol × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SXK5_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–543； UniProt 1–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cvv
沉积日期 deposition_date	2008-04-20
结构标题 title	Drosophila melanogaster (6-4) photolyase bound to ds DNA with a T-T (6-4) photolesion and F0 cofactor
关键词 keywords	DNA repair, Lyase-DNA COMPLEX; Lyase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cvv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cvv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.45 Å
Rg（电子密度）	26.57 Å
总 Rg	27.48 Å
原子数	4946
残基数	547
排除体积	86135 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cvv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDCPDAPDGPDCPDGPDGP(64T)P(5PY)PDGPDCPDAPDGPDGP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	4652.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5435

ACAGCGGTTGCAGGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDAPDCPDCPDTPDGPDCPDAPDAPDCPDCPDGPDCPDTP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	4529.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TACCTGCAACCGCTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RE11660p
分子量 formula_weight	62910.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MASWSHPQFEKGASTSLYKKAGLMDSQRSTLVHWFRKGLRLHDNPALSHIFTAANAAPGRYFVRPIFILDPGILDWMQVGANRWRFLQQTLEDLDNQLRKLNSRLFVVRGKPAEVFPRIFKSWRVEMLTFETDIEPYSVTRDAAVQKLAKAEGVRVETHCSHTIYNPELVIAKNLGKAPITYQKFLGIVEQLKVPKVLGVPEKLKNMPTPPKDEVEQKDSAAYDCPTMKQLVKRPEELGPNKFPGGETEALRRMEESLKDEIWVARFEKPNTAPNSLEPSTTVLSPYLKFGCLSARLFNQKLKEIIKRQPKHSQPPVSLIGQLMWREFYYTVAAAEPNFDRMLGNVYCMQIPWQEHPDHLEAWTHGRTGYPFIDAIMRQLRQEGWIHHLARHAVACFLTRGDLWISWEEGQRVFEQLLLDQDWALNAGNWMWLSASAFFHQYFRVYSPVAFGKKTDPQGHYIRKYVPELSKYPAGCIYEPWKASLVDQRAYGCVLGTDYPHRIVKHEVVHKENIKRMGAAYKVNREVRTGKEEESSFEEKSET

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-deoxy-1-(8-hydroxy-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-D-ribitol
分子量 formula_weight	363.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	468

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3cvva1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3cvva2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3cvva3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3cvvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	3cvvA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	3cvvA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	84.590 Å
晶胞边长 b length_b	91.070 Å
晶胞边长 c length_c	88.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1661
R_free r_free	0.2125

Drosophila melanogaster (6-4) photolyase bound to ds DNA with a T-T (6-4) photolesion and F0 cofactor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RE11660p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cvv__assembly_1__model_1

3cvv__assembly_1__model_1 | I(q)

3cvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Drosophila melanogaster (6-4) photolyase bound to ds DNA with a T-T (6-4) photolesion and F0 cofactor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RE11660p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cvv__assembly_1__model_1

3cvv__assembly_1__model_1 | I(q)

3cvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)