SAXSdb — 3cxo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative galactonate dehydratase

Salmonella typhimurium LT2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	3,6-dideoxy-L-arabino-hexonic acid × 1 MAGNESIUM ION × 2 (2R,4S)-2,4,7-trihydroxyheptanoic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	3,6-dideoxy-L-arabino-hexonic acid × 4 MAGNESIUM ION × 8 (2R,4S)-2,4,7-trihydroxyheptanoic acid × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8ZNF9_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–407； UniProt 2–405 作者链 B； PDB构建体 4–407； UniProt 2–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cxo
沉积日期 deposition_date	2008-04-24
结构标题 title	Crystal structure of L-rhamnonate dehydratase from Salmonella typhimurium complexed with Mg and 3-deoxy-L-rhamnonate
关键词 keywords	L-rhamnonate dehydratase, enolase superfamily, 3-DEOXY-L-RHAMNONATE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cxo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cxo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.17 Å
Rg（电子密度）	26.20 Å
总 Rg	27.06 Å
原子数	6247
残基数	804
排除体积	110910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cxo__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cxo__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative galactonate dehydratase
分子量 formula_weight	45975.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6683

MSLENIMTLPKIKHVRAWFIGGATAEKGAGGGDYHDQGGNHWIDDHIATPMSKYRDYEQSRQSFGINVLGTLIVEVEAENRQTGFAVSTAGEMGCFIVEKHLNRFIEGKCVSDIKLIHDQMLGATMYYSGSGGLVMNTISCVDLALWDLFGKVVGLPVYKLLGGAVRDEIQFYATGARPDLAKEMGFIGGKMPTHWGPHDGDAGIRKDAAMVADMREKCGPDFWLMLDCWMSQDVNYATKLAHACAPFNLKWIEECLPPQQYEGYRELKRNAPAGMMVTSGEHHGTLQSFRTLAETGIDIMQPDVGWCGGLTTLVEIAALAKSRGQLVVPHGSSVYSHHAVITFTNTPFSEFLMTSPDCSTLRPQFDPILLDEPVPVNGRIHKSVLDKPGFGVELNRDCHLKRPYSHEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium LT2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	99287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3,6-dideoxy-L-arabino-hexonic acid
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R,4S)-2,4,7-trihydroxyheptanoic acid
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	436

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3cxoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cxoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cxoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cxoB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	272.833 Å
晶胞边长 b length_b	272.833 Å
晶胞边长 c length_c	272.833 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	192

空间群 space_group	F 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	209
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	24.910 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2340

Crystal structure of L-rhamnonate dehydratase from Salmonella typhimurium complexed with Mg and 3-deoxy-L-rhamnonate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative galactonate dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cxo__assembly_1__model_1

3cxo__assembly_1__model_1 | I(q)

3cxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of L-rhamnonate dehydratase from Salmonella typhimurium complexed with Mg and 3-deoxy-L-rhamnonate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative galactonate dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cxo__assembly_1__model_1

3cxo__assembly_1__model_1 | I(q)

3cxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)