3cyq

The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256) with N-acetylmuramic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein motB

Helicobacter pylori

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	N-acetyl-beta-muramic acid × 1 water × 4	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-acetyl-beta-muramic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-acetyl-beta-muramic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	N-acetyl-beta-muramic acid × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOTB_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 B； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 C； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 D； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 E； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 F； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 G； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 H； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 I； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 J； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 K； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 L； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 M； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 N； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 O； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257 作者链 P； PDB构建体 7–138； UniProt 126–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cyq
沉积日期 deposition_date	2008-04-26
结构标题 title	The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256) with N-acetylmuramic acid
关键词 keywords	;Helicobacter pylori, bacterial flagellar motor, peptidoglycan binding, Bacterial flagellum, Chemotaxis, Flagellar rotation, Inner membrane, Membrane, Transmembrane, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cyq__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cyq__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cyq__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.11 Å
Rg（电子密度）	19.95 Å
总 Rg	20.81 Å
原子数	2128
残基数	264
排除体积	37675 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cyq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cyq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3cyq__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3cyq__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3cyq__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3cyq__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3cyq__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3cyq__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3cyq__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3cyq__assembly_10__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3cyq__assembly_11__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3cyq__assembly_12__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chemotaxis protein motB
分子量 formula_weight	15940.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G,H,I,A,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	18460

GIDPFTFENATSDAINQDMMLYIERIAKIIQKLPKRVHINVRGFTDDTPLVKTRFKSHYELAANRAYRVMKVLIQYGVNPNQLSFSSYGSTNPIAPNDSLENRMKNNRVEIFFSTDANDLSKIHSILDNEFNPHKQQE

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
通用名 common_name	Campylobacter pylori
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-muramic acid
分子量 formula_weight	293.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1274

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3cyqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	3cyqP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

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晶胞边长 a length_a	101.781 Å
晶胞边长 b length_b	110.058 Å
晶胞边长 c length_c	113.664 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2890

The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256) with N-acetylmuramic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein motB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cyq__assembly_5__model_1

3cyq__assembly_5__model_1 | I(q)

3cyq__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the complex of the C-terminal domain of Helicobacter pylori MotB (residues 125-256) with N-acetylmuramic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein motB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cyq__assembly_5__model_1

3cyq__assembly_5__model_1 | I(q)

3cyq__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)