3d03

1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobacter aerogenes

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphohydrolase

Enterobacter aerogenes

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	COBALT (II) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COBALT (II) ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COBALT (II) ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COBALT (II) ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6XBH1_ENTAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 B； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 C； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 D； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 E； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 F； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d03
沉积日期 deposition_date	2008-04-30
结构标题 title	1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobacter aerogenes
关键词 keywords	glycerophosphodiesterase, metallohydrolase, phosphatase, metal ion, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d03__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d03__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d03__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.33 Å
Rg（电子密度）	23.20 Å
总 Rg	23.97 Å
原子数	4300
残基数	545
排除体积	75788 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3d03__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3d03__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3d03__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3d03__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphohydrolase
分子量 formula_weight	30772.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	13904

MLLAHISDTHFRSRGEKLYGFIDVNAANADVVSQLNALRERPDAVVVSGDIVNCGRPEEYQVARQILGSLNYPLYLIPGNHDDKALFLEYLQPLCPQLGSDANNMRCAVDDFATRLLFIDSSRAGTSKGWLTDETISWLEAQLFEGGDKPATIFMHHPPLPLGNAQMDPIACENGHRLLALVERFPSLTRIFCGHNHSLTMTQYRQALISTLPGTVHQVPYCHADTDPYYDLSPASCLMHRQVGEQWVSYQHSLAHYAGPWLYDENISCPTEER

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacter aerogenes
通用名 common_name	Aerobacter aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	548
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1034

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3d03a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

结构域编号 domain_id	d3d03b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

结构域编号 domain_id	d3d03c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

结构域编号 domain_id	d3d03d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

结构域编号 domain_id	d3d03e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

结构域编号 domain_id	d3d03f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.11 — GpdQ-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3d03A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3d03B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3d03C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3d03D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3d03E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

结构域编号 domain_id	3d03F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain

结构域编号 domain_id	3d03F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — GpdQ, beta-strand dimerisation domain

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晶胞边长 a length_a	94.967 Å
晶胞边长 b length_b	133.842 Å
晶胞边长 c length_c	168.941 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.270 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1843
R_free r_free	0.2233

1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobacter aerogenes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d03__assembly_2__model_1

3d03__assembly_2__model_1 | I(q)

3d03__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobacter aerogenes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d03__assembly_2__model_1

3d03__assembly_2__model_1 | I(q)

3d03__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)