3d17

A triply ligated crystal structure of relaxed state human hemoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha

物种未注明

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–142 链 C; UniProt 2–142 未记录 Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 MBN TOLUENE × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIQUID DIFFUSION;pH 6.4;298 K;NaPhosph, KPhosph, Toluene, pH 6.4, liquid diffusion, temperature 298K 分辨率 2.80 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142 作者链 C; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–147 链 D; UniProt 2–147 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 MBN TOLUENE × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIQUID DIFFUSION;pH 6.4;298 K;NaPhosph, KPhosph, Toluene, pH 6.4, liquid diffusion, temperature 298K 分辨率 2.80 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147 作者链 D; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3d17

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3d17
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d17
沉积日期 deposition_date2008-05-05
结构标题 titleA triply ligated crystal structure of relaxed state human hemoglobin
关键词 keywords;liganded, relaxed, triply ligated, ligand uptake, ligand channel, Acetylation, Disease mutation, Glycation, Glycoprotein, Heme, Iron, Metal-binding, Oxygen transport, Polymorphism, Transport, Hypotensive agent, Pyruvate, S-nitrosylation, Vasoactive, OXYGEN BINDING ;; OXYGEN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.00
零角强度 I(0) i065003500.00
分子量 molecular_weight64916.0 kDa
排除体积 excluded_volume81920 ų
包络体积 envelope_volume94209 ų
水化壳体积 shell_volume32629 ų
包络直径 envelope_diameter70.8
壳层 Rg shell_rg31.08
包络 Rg envelope_rg22.89
形状 Rg shape_rg22.99
总 Rg total_rg23.92
总原子数 total_atoms4584
残基数 n_residues574
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.6
Rg (实空间) rg_real23.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real6.5000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65010000.0000
解质量估计 total_estimate0.9110
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.6
偏度 Skewness skewness0.029
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19510000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3d17a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3d17b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3d17c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd3d17d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3d17A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id3d17B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id3d17C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id3d17D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)