3d1n

Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU domain, class 6, transcription factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DAPDGPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDAPDAPDTPDAPDA)-3' × 1 5'-D(DTPDTPDAPDTPDTPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDCPDT)-3' × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DAPDGPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDAPDAPDTPDAPDA)-3' × 1 5'-D(DTPDTPDAPDTPDTPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDCPDT)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DAPDGPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDAPDAPDTPDAPDA)-3' × 1 5'-D(DTPDTPDAPDTPDTPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDCPDT)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(DAPDGPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDAPDAPDTPDAPDA)-3' × 1 5'-D(DTPDTPDAPDTPDTPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDCPDT)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PO6F1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 J； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 K； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 L； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 M； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 N； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 O； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292 作者链 P； PDB构建体 1–151； UniProt 142–292

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d1n
沉积日期 deposition_date	2008-05-06
结构标题 title	Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter
关键词 keywords	;Protein-DNA complex, Helix-turn-helix (HTH), DNA-binding, Homeobox, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d1n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d1n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.01 Å
Rg（电子密度）	22.93 Å
总 Rg	23.50 Å
原子数	2798
残基数	315
排除体积	47798 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3d1n__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3d1n__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3d1n__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3d1n__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(DAPDGPDCPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDAPDAPDTPDAPDA)-3'
分子量 formula_weight	4304.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	10089

AGCATAAATAATAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(DTPDTPDAPDTPDTPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDGPDCPDT)-3'
分子量 formula_weight	4250.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D,F,H

TTATTATTTATGCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	POU domain, class 6, transcription factor 1
分子量 formula_weight	17691.5 kDa
突变 mutation	C186S, C283S, L144M, L172M, I267M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

INMEEIREFAKNFKIRRLSLGLTQTQVGQAMTATEGPAYSQSAISRFEKLDITPKSAQKLKPVLEKWLNEAELRNQEGQQNLMEFVGGEPSKKRKRRTSFTPQAIEALNAYFEKNPLPTGQEITEMAKELNYDREVVRVWFSNRRQTLKNT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	3d1nI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	3d1nJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	3d1nL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	3d1nM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	3d1nN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3d1nO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	3d1nP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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晶胞边长 a length_a	100.298 Å
晶胞边长 b length_b	112.060 Å
晶胞边长 c length_c	181.504 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	48.910 Å
R 因子 r_factor	0.2119
R_work r_work	0.2119
R_free r_free	0.2698

Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU domain, class 6, transcription factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d1n__assembly_1__model_1

3d1n__assembly_1__model_1 | I(q)

3d1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POU domain, class 6, transcription factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d1n__assembly_1__model_1

3d1n__assembly_1__model_1 | I(q)

3d1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)