SAXSdb — 3d3m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 730–897	片段：C terminal Domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：Microbatch under oil；pH 6；293 K；100mM MMT (D,L Maleic acid, MES and Tris) pH=6, and 20% PEG 1,500, Microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 730–897	片段：C terminal Domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：Microbatch under oil；pH 6；293 K；100mM MMT (D,L Maleic acid, MES and Tris) pH=6, and 20% PEG 1,500, Microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3D3M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3L6A Crystal structure of the C-terminal region of Human p97 提交 2009-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 540–897（358 aa）片段：C-terminal region, UNP residues 540-897	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；2.1M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, 2% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
4IUL MIF4G domain of DAP5 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–323（263 aa）片段：MIF4G domain, UNP residues 61-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate and 18 20% (w/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
4IUL MIF4G domain of DAP5 提交 2013-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 61–323（263 aa）片段：MIF4G domain, UNP residues 61-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate and 18 20% (w/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
4IUL MIF4G domain of DAP5 提交 2013-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 61–323（263 aa）片段：MIF4G domain, UNP residues 61-323 链 B 61–323（263 aa）片段：MIF4G domain, UNP residues 61-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate and 18 20% (w/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
9JJ7 The crystal structure of SARS-CoV-2 NSP5 in complex with eIF4G2 提交 2024-09-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 446–455（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M MES pH 5.6, 7% PEG 6000, and 6% dimethyl sulfoxide (DMSO)	分辨率 1.80 Å R-free 0.212

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4G2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 730–897 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 730–897

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d3m
沉积日期 deposition_date	2008-05-12
结构标题 title	The Crystal Structure of the C-terminal region of Death Associated Protein 5(DAP5)
关键词 keywords	;HEAT repeat domain, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Israel Structural Proteomics Center, ISPC, Acetylation, Initiation factor, Phosphoprotein, Protein biosynthesis, Repressor, Translation regulation, TRANSLATION ;; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.24 Å
零角强度 I(0) i0	20564300.00
分子量 molecular_weight	37432.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48067 Å³
包络体积 envelope_volume	55988 Å³
水化壳体积 shell_volume	21900 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.27 Å
包络 Rg envelope_rg	22.39 Å
形状 Rg shape_rg	22.21 Å
总 Rg total_rg	23.16 Å
总原子数 total_atoms	2649
残基数 n_residues	318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8556
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.227
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7613000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3d3mA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	3d3mB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.059 Å
晶胞边长 b length_b	45.734 Å
晶胞边长 c length_c	63.357 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2590

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
分子量 formula_weight	19657.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2714

The Crystal Structure of the C-terminal region of Death Associated Protein 5(DAP5)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	man
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

fit	/app/data/saxs_computation/d3/3d3m/3d3m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/3d3m/3d3m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/3d3m/3d3m.dat