SAXSdb — 3d5o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serum amyloid P-component

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–223 链 B； UniProt 20–223 链 C； UniProt 20–223 链 D； UniProt 20–223 链 E； UniProt 20–223	未记录	Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a × 1 （P12318） SO4 SULFATE ION × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.0 M NH4SO4, 5% iso-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3D5O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GYK Serum Amyloid P Component co-crystallised with MOBDG at neutral pH 提交 2002-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 9 CDG METHYL 4,6-O-[(1R)-1-CARBOXYETHYLIDENE]-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.224
1LGN DECAMERIC DAMP COMPLEX OF HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT 提交 1996-12-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；3 + 3 UL HANGING DROPS AT 277K PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.0, 140 MM NACL, 20 MM DAMP, 0.02 % NA-AZIDE. RESERVOIR SOLUTION: 100 MM BIS-TRIS PROPANE- HCL PH 8.0, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, 12-14 % (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 4000., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
1SAC THE STRUCTURE OF PENTAMERIC HUMAN SERUM AMYLOID P COMPONENT 提交 1994-01-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3W Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 20–223（204 aa）链 L 20–223（204 aa）链 M 20–223（204 aa）链 N 20–223（204 aa）链 O 20–223（204 aa）链 P 20–223（204 aa）链 Q 20–223（204 aa）链 R 20–223（204 aa）链 S 20–223（204 aa）链 T 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
2A3X Decameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy- 2-methyl-1,3-dioxane]- 5-yloxycarbonyl}-piperazine 提交 2005-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 CPK BIS-1,2-{[(Z)-2CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBONYL}-PIPERAZINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium acetate, calcium acetate, PEG 8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
2A3Y Pentameric crystal structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane. 提交 2005-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 CPJ BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；sodium actetate, calcium acetate, PEG 8000, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2W08 The structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine 提交 2008-08-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TPO PHOSPHOTHREONINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06M TRIS-HCL PH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CACL2, 0.08M NACL, 0.1% NAN3, 14.2MG/ML PROTEIN, 50MM LIGAND	分辨率 1.70 Å R-free 0.176
3KQR The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethanolamine 提交 2009-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5 CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.06M TRIS-HCL pH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3,14.2mg/ml Protein, 0.05M Ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.161
4AVS Structure of N-Acetyl-L-Proline bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 10 N7P 1-ACETYL-L-PROLINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.06 M TRIS-HCL, PH 8, 16% PEG 550 MME, 0.01 M CACL2, 0.08 M NACL AND 0.1% NAN3	分辨率 1.40 Å R-free 0.170
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）链 G 20–223（204 aa）链 I 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AVT Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 F 20–223（204 aa）链 H 20–223（204 aa）链 J 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.197
4AVV Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component 提交 2012-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 8 GHE (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid × 5 CD CADMIUM ION × 35 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PH 4.6	分辨率 1.60 Å R-free 0.175
4AYU Structure of N-Acetyl-D-Proline bound to serum amyloid P component 提交 2012-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 20–223（204 aa）链 B 20–223（204 aa）链 C 20–223（204 aa）链 D 20–223（204 aa）链 E 20–223（204 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 N8P N-ACETYL-D-PROLINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10 MM CACL2, 84 MM NACL, 20% GLYCEROL V/V, 17% PEG550 MME V/V	分辨率 1.50 Å R-free 0.168

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAMP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 B； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 D； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223 作者链 E； PDB构建体 1–204； UniProt 20–223

Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a

Homo sapiens

UniProt P12318

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 37–207	未记录	Serum amyloid P-component × 5 （P02743） SO4 SULFATE ION × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2.0 M NH4SO4, 5% iso-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3D5O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FCG ECTODOMAIN OF HUMAN FC GAMMA RECEPTOR, FCGRIIA 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–207（174 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS	突变：S88F, R134H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH EQUAL VOLUMES OF FC(GAMMA)RIIA AT 6 MG/ML AND MOTHER LIQUOR (0.2 M AMMONIUM ACETATE, 30% W/V PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6) MIXED IN 3 MICRO L DROPLETS AND ALLOWED TO EQUILIBRATE AT 22 C FOR 3-9 DAYS.	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1H9V Human Fc-gamma-Receptor IIa (FcgRIIa), monoclinic 提交 2001-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–208（172 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN G BINDING DOMAIN RESIDUE 5-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2M NAOAC PH 4.6, 26% PEG 8000	分辨率 3.00 Å
3RY4 1.5 Angstrom resolution structure of glycosylated fcgammariia (low-responder polymorphism) 提交 2011-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–206（170 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, residues 37-206	突变：S88P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；30% (W/V) PEG 4000, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.60, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.230
3RY5 Three-dimensional structure of glycosylated fcgammariia (high-responder polymorphism) 提交 2011-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–206（170 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, residues 114-327	突变：H134R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；30% (W/V) PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, PH 7.50, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
3RY6 Complex of fcgammariia (CD32) and the FC of human IGG1 提交 2011-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 40–206（167 aa）片段：UNP residues 40-206	未记录	GOL GLYCEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；20% (W/V) PEG 3350, 5MM TRIS, 0.15M NACL, 2MM MOPS, 0.2M TRI-POTASSIUM ACETATE, PH 7.40, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291.0K	分辨率 3.80 Å R-free 0.426
8CHA Fc gamma RIIa 27W/131H variant ectodomain 提交 2023-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–209（209 aa）	突变：Q27W	FLC CITRATE ANION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 FWN 2-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.1M sodium phosphate citrate, pH4.2, 41% (v/v) PEG 300	分辨率 1.81 Å R-free 0.225
9MCX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX H131 VARIANT 提交 2024-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 37–209（173 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；25% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.38 Å R-free 0.234
9N5P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG2 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX H131 VARIANT 提交 2025-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 37–209（173 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 2000 MME	分辨率 2.01 Å R-free 0.232

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FCG2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–171； UniProt 37–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d5o
沉积日期 deposition_date	2008-05-16
结构标题 title	Structural recognition and functional activation of FcrR by innate pentraxins
关键词 keywords	;complex structure, SAP, Fc RIIa, Fc receptor activation, pentraxins, Amyloid, Glycoprotein, Lectin, Metal-binding, Secreted, Cell membrane, IgG-binding protein, Immunoglobulin domain, Membrane, Phosphoprotein, Receptor, Transmembrane, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.35 Å
零角强度 I(0) i0	273443000.00
分子量 molecular_weight	136220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171180 Å³
包络体积 envelope_volume	217800 Å³
水化壳体积 shell_volume	51111 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.36 Å
包络 Rg envelope_rg	34.62 Å
形状 Rg shape_rg	35.35 Å
总 Rg total_rg	35.85 Å
总原子数 total_atoms	9624
残基数 n_residues	1191
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	273500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.064
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	102300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serum amyloid P-component
分子量 formula_weight	23282.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	9655

HTDLSGKVFVFPRESVTDHVNLITPLEKPLQNFTLCFRAYSDLSRAYSLFSYNTQGRDNELLVYKERVGEYSLYIGRHKVTSKVIEKFPAPVHICVSWESSSGIAEFWINGTPLVKKGLRQGYFVEAQPKIVLGQEQDSYGGKFDRSQSFVGEIGDLYMWDSVLPPENILSAYQGTPLPANILDWQALNYEIRGYVIIKPLVWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a
分子量 formula_weight	20074.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

APPKAVLKLEPPWINVLQEDSVTLTCQGARSPESDSIQWFHNGNLIPTHTQPSYRFKANNNDSGEYTCQTGQTSLSDPVHLTVLSEWLVLQTPHLEFQEGETIMLRCHSWKDKPLVKVTFFQNGKSQKFSRLDPTFSIPQANHSHSGDYHCTGNIGYTLFSSKPVTITVQVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d3d5oa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3d5ob_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3d5oc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3d5od_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3d5oe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3d5of1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d3d5of2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	3d5oA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3d5oB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3d5oC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3d5oD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3d5oE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3d5oF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3d5oF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.197 Å
晶胞边长 b length_b	143.477 Å
晶胞边长 c length_c	161.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/d5/3d5o/3d5o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/3d5o/3d5o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/3d5o/3d5o.dat

Structural recognition and functional activation of FcrR by innate pentraxins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serum amyloid P-component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)