3d8a

Co-crystal structure of TraM-TraD complex.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Relaxosome protein TraM

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Protein traD × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Protein traD × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAM1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 B； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 C； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 D； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 E； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 F； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 G； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127 作者链 H； PDB构建体 1–70； UniProt 58–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d8a
沉积日期 deposition_date	2008-05-22
结构标题 title	Co-crystal structure of TraM-TraD complex.
关键词 keywords	;TraM tetramerization domain, TraD C-terminal peptide, protein complex, Conjugation, DNA-binding, ATP-binding, Inner membrane, Membrane, Nucleotide-binding, Transmembrane, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d8a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d8a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.28 Å
Rg（电子密度）	17.91 Å
总 Rg	18.78 Å
原子数	2224
残基数	280
排除体积	39573 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3d8a__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3d8a__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Relaxosome protein TraM
分子量 formula_weight	7980.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	4468

ESAFNQTEFNKLLLECVVKTQSSVAKILGIESLSPHVSGNSKFEYANMVEDIREKVSSEMERFFPKNDDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein traD
分子量 formula_weight	1079.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X,Y,Z

GEDVEPGDDF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3d8aa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ab_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ac_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ad_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ae_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8af_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ag_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

结构域编号 domain_id	d3d8ah_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.241 — TraM-like
超家族 Superfamily superfamily	a.241.1 — TraM-like
家族 Family family	a.241.1.1 — TraM-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3d8aA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

结构域编号 domain_id	3d8aH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2320 —

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晶胞边长 a length_a	142.246 Å
晶胞边长 b length_b	142.246 Å
晶胞边长 c length_c	70.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2197
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2575

Co-crystal structure of TraM-TraD complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Relaxosome protein TraM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d8a__assembly_1__model_1

3d8a__assembly_1__model_1 | I(q)

3d8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Co-crystal structure of TraM-TraD complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Relaxosome protein TraM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d8a__assembly_1__model_1

3d8a__assembly_1__model_1 | I(q)

3d8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)