SAXSdb — 3dak

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase OSR1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–295 链 B； UniProt 6–295 链 C； UniProt 6–295 链 D； UniProt 6–295	片段：Protein kinase domain, UNP residues 6-295	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Tri-Lithium Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.267
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–295 链 D； UniProt 6–295	片段：Protein kinase domain, UNP residues 6-295	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Tri-Lithium Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.267
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 6–295 链 C； UniProt 6–295	片段：Protein kinase domain, UNP residues 6-295	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, Tri-Lithium Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V3S Structural insights into the recognition of substrates and activators by the OSR1 kinase 提交 2007-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 433–527（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2V3S Structural insights into the recognition of substrates and activators by the OSR1 kinase 提交 2007-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 433–527（95 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2VWI Structure of the OSR1 kinase, a hypertension drug target 提交 2008-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–303（303 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-303 链 B 1–303（303 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-303 链 C 1–303（303 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-303 链 D 1–303（303 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-303	未记录	AU GOLD ION × 11 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.287
7OKW 1.62A X-ray crystal structure of the conserved C-terminal (CCT) of human OSR1 提交 2021-05-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 423–527（105 aa）链 B 423–527（105 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；Morpheus A8: 0.06 M Divalents 0.1 M Buffer System 2 7.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4. Divalents:Mg chloride; Ca chloride. Buffer: pH 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid). Precipitants: 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350.	分辨率 1.62 Å R-free 0.216

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OXSR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–290； UniProt 6–295 作者链 B； PDB构建体 1–290； UniProt 6–295 作者链 C； PDB构建体 1–290； UniProt 6–295 作者链 D； PDB构建体 1–290； UniProt 6–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dak
沉积日期 deposition_date	2008-05-29
结构标题 title	Crystal Structure of Domain-Swapped OSR1 kinase domain
关键词 keywords	;SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE, STE20, DOMAIN-SWAPPING, ATP-binding, Kinase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, Serine/threonine-protein kinase, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.07 Å
零角强度 I(0) i0	241619000.00
分子量 molecular_weight	127110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159720 Å³
包络体积 envelope_volume	219980 Å³
水化壳体积 shell_volume	48285 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.03 Å
包络 Rg envelope_rg	40.68 Å
形状 Rg shape_rg	41.07 Å
总 Rg total_rg	41.10 Å
总原子数 total_atoms	8904
残基数 n_residues	1122
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	241500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.591
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.032
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.769; Smooth: 0.633

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase OSR1
分子量 formula_weight	32428.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9434

SALPWSINRDDYELQEVIGSGATAVVQAAYCAPKKEKVAIKRINLEKCQTSMDELLKEIQAMSQCHHPNIVSYYTSFVVKDELWLVMKLLSGGSVLDIIKHIVAKGEHKSGVLDESTIATILREVLEGLEYLHKNGQIHRDVKAGNILLGEDGSVQIADFGVSAFLATGGDITRNKVRKTFVGTPCWMAPEVMEQVRGYDFKADIWSFGITAIELATGAAPYHKYPPMKVLMLTLQNDPPSLETGVQDKEMLKKYGKSFRKMISLCLQKDPEKRPTAAELLRHKFFQKAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	530

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3daka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3dakb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3dakc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3dakd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3dakA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3dakA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3dakB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3dakB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3dakC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3dakC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3dakD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3dakD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.208 Å
晶胞边长 b length_b	104.484 Å
晶胞边长 c length_c	162.903 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1988
R_work r_work	0.1951
R_free r_free	0.2671

fit	/app/data/saxs_computation/da/3dak/3dak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/3dak/3dak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/3dak/3dak.dat

Crystal Structure of Domain-Swapped OSR1 kinase domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase OSR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction