SAXSdb — 3db8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase 1

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	3-[3-chloro-5-(5-{[(1S)-1-phenylethyl]amino}isoxazolo[5,4-c]pyridin-3-yl)phenyl]propan-1-ol × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4KMI8_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–317； UniProt 1–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3db8
沉积日期 deposition_date	2008-05-30
结构标题 title	Crystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (Plk1) catalytic domain in complex with Compound 041
关键词 keywords	Polo-like kinase 1, Plk1, catalytic domain, small-molecule inhibitor, Kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3db8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3db8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3db8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.63 Å
Rg（电子密度）	19.61 Å
总 Rg	20.62 Å
原子数	2110
残基数	261
排除体积	37900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3db8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3db8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3db8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3db8A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	135.118 Å
晶胞边长 b length_b	135.118 Å
晶胞边长 c length_c	135.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2323
R_work r_work	0.2265
R_free r_free	0.2735

描述 description	Polo-like kinase 1
分子量 formula_weight	35993.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
突变 mutation	T196D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2110

Crystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (Plk1) catalytic domain in complex with Compound 041

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3db8__assembly_1__model_1

3db8__assembly_1__model_1 | I(q)

3db8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Crystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (Plk1) catalytic domain in complex with Compound 041

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polo-like kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3db8__assembly_1__model_1

3db8__assembly_1__model_1 | I(q)

3db8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)