3dby

Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241 (CSAP Target)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

uncharacterized protein

Bacillus cereus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 6	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 6	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	FE (III) ION × 12 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4MWP8_BACCE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 D； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 E； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 F； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 G； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 H； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 I； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 J； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 K； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 L； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 M； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 N； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 O； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 P； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 Q； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 R； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 S； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259 作者链 T； PDB构建体 1–261； UniProt 1–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dby
沉积日期 deposition_date	2008-06-02
结构标题 title	Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241 (CSAP Target)
关键词 keywords	;structural genomics, UNKNOWN FUNCTION, PSI-2, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC ;; structural genomics, unknown function
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dby__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dby__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dby__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.00 Å
Rg（电子密度）	36.25 Å
总 Rg	36.80 Å
原子数	12921
残基数	1569
排除体积	231890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dby__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3dby__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3dby__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3dby__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3dby__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3dby__assembly_6__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3dby__assembly_7__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3dby__assembly_8__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3dby__assembly_9__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3dby__assembly_10__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	uncharacterized protein
分子量 formula_weight	31418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	45580

MSLERNYEESALFEHQFWLKVLTDHAQFLLDALAPKEKEDIKKATYFVETFTNLLNKVRNVNLMAFSKEAEQAAKEIRAFKLNIIQKQLEGKITIHFTPTFINHMVNEVEEYIAVLEFLKKGEVPPVFHELHYHLVWLTDAAGHAGSISGGLDLVEKRLKEKSEEFTKHFEQFYLKAVEMTGYLRTELHHFPALKKFTKDVSLELKLFSHFLHEVEELELSNEVLSVLSARMADHMAREECYYLLKLAQSSGLEMPKCNPLEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269801
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2073

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 85 domains

SCOP 2.08 (65 domains)

结构域编号 domain_id	d3dbya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbya3
类 Class class	l — Artifacts
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结构域编号 domain_id	d3dbyb1
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结构域编号 domain_id	d3dbyb2
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结构域编号 domain_id	d3dbyb4
类 Class class	l — Artifacts
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结构域编号 domain_id	d3dbyc1
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类 Class class	a — All alpha proteins
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超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
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结构域编号 domain_id	d3dbyq1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
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类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
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家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

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家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

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折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
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家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

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家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3dbys1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbys2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbys3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3dbyt1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbyt2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.13 — Bacillus cereus metalloprotein-like
家族 Family family	a.29.13.1 — Bacillus cereus metalloprotein-like

结构域编号 domain_id	d3dbyt3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3dbyt4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3dbyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

结构域编号 domain_id	3dbyT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein of unknown function DUF2935

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晶胞边长 a length_a	167.808 Å
晶胞边长 b length_b	167.808 Å
晶胞边长 c length_c	582.661 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	180

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2580

Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241 (CSAP Target)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dby__assembly_7__model_1

3dby__assembly_7__model_1 | I(q)

3dby__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 85 domains

SCOP 2.08 (65 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241 (CSAP Target)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dby__assembly_7__model_1

3dby__assembly_7__model_1 | I(q)

3dby__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 85 domains

SCOP 2.08 (65 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)