3dds

Crystal structure of glycogen phosphorylase complexed with an anthranilimide based inhibitor GSK261

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase, liver form

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-acetyl-beta-D-glucopyranosylamine × 2 PHOSPHATE ION × 1 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CAFFEINE × 2 O-tert-butyl-N-[(3-{[(2,4,6-trimethylphenyl)carbamoyl]amino}naphthalen-2-yl)carbonyl]-L-threonine × 3 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYGL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–848； UniProt 2–847 作者链 B； PDB构建体 3–848； UniProt 2–847

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dds
沉积日期 deposition_date	2008-06-06
结构标题 title	Crystal structure of glycogen phosphorylase complexed with an anthranilimide based inhibitor GSK261
关键词 keywords	;GP, Glycogen Phosphorylase, Diabetes, Allosteric enzyme, Carbohydrate metabolism, Disease mutation, Glycogen metabolism, Glycogen storage disease, Glycosyltransferase, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Pyridoxal phosphate, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dds__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dds__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dds__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.38 Å
Rg（电子密度）	38.07 Å
总 Rg	38.59 Å
原子数	13227
残基数	1612
排除体积	236540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dds__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycogen phosphorylase, liver form
分子量 formula_weight	97339.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14698

GGAKPLTDQEKRRQISIRGIVGVENVAELKKSFNRHLHFTLVKDRNVATTRDYYFALAHTVRDHLVGRWIRTQQHYYDKCPKRVYYLSLEFYMGRTLQNTMINLGLQNACDEAIYQLGLDIEELEEIEEDAGLGNGGLGRLAACFLDSMATLGLAAYGYGIRYEYGIFNQKIRDGWQVEEADDWLRYGNPWEKSRPEFMLPVHFYGKVEHTNTGTKWIDTQVVLALPYDTPVPGYMNNTVNTMRLWSARAPNDFNLRDFNVGDYIQAVLDRNLAENISRVLYPNDNFFEGKELRLKQEYFVVAATLQDIIRRFKASKFGSTRGAGTVFDAFPDQVAIQLNDTHPALAIPELMRIFVDIEKLPWSKAWELTQKTFAYTNHTVLPEALERWPVDLVEKLLPRHLEIIYEINQKHLDRIVALFPKDVDRLRRMSLIEEEGSKRINMAHLCIVGSHAVNGVAKIHSDIVKTKVFKDFSELEPDKFQNKTNGITPRRWLLLCNPGLAELIAEKIGEDYVKDLSQLTKLHSFLGDDVFLRELAKVKQENKLKFSQFLETEYKVKINPSSMFDVQVKRIHEYKRQLLNCLHVITMYNRIKKDPKKLFVPRTVIIGGKAAPGYHMAKMIIKLITSVADVVNNDPMVGSKLKVIFLENYRVSLAEKVIPATDLSEQISTAGTEASGTGNMKFMLNGALTIGTMDGANVEMAEEAGEENLFIFGMRIDDVAALDKKGYEAKEYYEALPELKLVIDQIDNGFFSPKQPDLFKDIINMLFYHDRFKVFADYEAYVKCQDKVSQLYMNPKAWNTMVLKNIAASGKFSSDRTIKEYAQNIWNVEPSDLKISLSNESNKVNGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-D-glucopyranosylamine
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CAFFEINE
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	O-tert-butyl-N-[(3-{[(2,4,6-trimethylphenyl)carbamoyl]amino}naphthalen-2-yl)carbonyl]-L-threonine
分子量 formula_weight	505.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1353

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ddsa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

结构域编号 domain_id	d3ddsb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamily	c.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family family	c.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ddsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	3ddsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	3ddsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	3ddsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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晶胞边长 a length_a	124.403 Å
晶胞边长 b length_b	124.403 Å
晶胞边长 c length_c	123.614 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.660 Å
R 因子 r_factor	0.1747
R_work r_work	0.1739
R_free r_free	0.1978

Crystal structure of glycogen phosphorylase complexed with an anthranilimide based inhibitor GSK261

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase, liver form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dds__assembly_1__model_1

3dds__assembly_1__model_1 | I(q)

3dds__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of glycogen phosphorylase complexed with an anthranilimide based inhibitor GSK261

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase, liver form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dds__assembly_1__model_1

3dds__assembly_1__model_1 | I(q)

3dds__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)