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3ddu

Prolyl Oligopeptidase with GSK552

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl endopeptidase

Homo sapiens

UniProt P48147

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–710 未记录 ACT ACETATE ION × 5 552 (6S)-1-chloro-3-[(4-fluorobenzyl)oxy]-6-(pyrrolidin-1-ylcarbonyl)pyrrolo[1,2-a]pyrazin-4(6H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；277 K；0 .2M NaoAc 4.6, 9% Peg 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 1.56 Å R-free 0.172

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3DDU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9Q5G Human prolyl endopeptidase (PREP) - apo form 提交 2025-08-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 SCN THIOCYANATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
9Q5G Human prolyl endopeptidase (PREP) - apo form 提交 2025-08-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 SCN THIOCYANATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
9Q5G Human prolyl endopeptidase (PREP) - apo form 提交 2025-08-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.200
9Q5X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-74 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 A1CQT 4-chloro-1,3-dimethyl-N-(2-{[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl](3-phenylpropyl)amino}ethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.192
9Q5X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-74 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQT 4-chloro-1,3-dimethyl-N-(2-{[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl](3-phenylpropyl)amino}ethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.192
9Q5X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-74 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CQT 4-chloro-1,3-dimethyl-N-(2-{[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl](3-phenylpropyl)amino}ethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SCN THIOCYANATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.192
9Q5Y Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with YX45 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1CQR 2-[4-chloro-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.206
9Q5Y Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with YX45 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQR 2-[4-chloro-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.206
9Q5Y Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with YX45 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CQR 2-[4-chloro-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl]-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.206
9Q5Z Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-1-147 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 A1CQS 3-methyl-1-(2-phenylethyl)-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.187
9Q5Z Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-1-147 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 A1CQS 3-methyl-1-(2-phenylethyl)-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SCN THIOCYANATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.187
9Q5Z Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-1-147 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 A1CQS 3-methyl-1-(2-phenylethyl)-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.41 Å R-free 0.187
9Q62 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-108 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 A1CQQ 4-chloro-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 SCN THIOCYANATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.83 Å R-free 0.239
9Q62 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-108 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1CQQ 4-chloro-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 SCN THIOCYANATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.83 Å R-free 0.239
9Q62 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-108 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1CQQ 4-chloro-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.83 Å R-free 0.239
9Q64 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-59 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 A1CQV 1,3-dimethyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.94 Å R-free 0.233
9Q64 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-59 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQV 1,3-dimethyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 7 SCN THIOCYANATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.94 Å R-free 0.233
9Q64 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-59 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CQV 1,3-dimethyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.94 Å R-free 0.233
9Q65 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-75 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQU 4-chloro-1,3-dimethyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 5 SCN THIOCYANATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.89 Å R-free 0.295
9Q65 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-75 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–710（710 aa）
未记录 A1CQU 4-chloro-1,3-dimethyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.89 Å R-free 0.295
9Q65 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-75 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–710（710 aa）
未记录 A1CQU 4-chloro-1,3-dimethyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.89 Å R-free 0.295
9Q66 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-4-1-7 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 A1CQP 4-chloro-1-(cyclohexylmethyl)-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 2.01 Å R-free 0.266
9Q66 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-4-1-7 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQP 4-chloro-1-(cyclohexylmethyl)-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 2.01 Å R-free 0.266
9Q66 Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-4-1-7 提交 2025-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CQP 4-chloro-1-(cyclohexylmethyl)-3-methyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 2.01 Å R-free 0.266
9Q6J Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-126 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 A1CQ0 4-chloro-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SCN THIOCYANATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.226
9Q6J Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-126 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1CQ0 4-chloro-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.226
9Q6J Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-126 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1CQ0 4-chloro-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 6 SCN THIOCYANATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.226
9Q6K Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-2-1-7 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 A1CQZ 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SCN THIOCYANATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.272
9Q6K Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-2-1-7 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CQZ 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 4 SCN THIOCYANATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.272
9Q6K Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-2-1-7 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CQZ 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-(2-phenylethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.272
9Q6L Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-197 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 A1CQY 3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.216
9Q6L Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-197 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CQY 3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.216
9Q6L Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-197 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CQY 3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.216
9Q6X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-186 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 A1CQ1 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.214
9Q6X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-186 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CQ1 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.214
9Q6X Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-186 提交 2025-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CQ1 4-chloro-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1-[2-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.66 Å R-free 0.214
9XYK Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-7-1-7 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 GOL GLYCEROL × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 A1CRL 4-chloro-1-(2-cyclohexylethyl)-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.73 Å R-free 0.255
9XYK Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-7-1-7 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CRL 4-chloro-1-(2-cyclohexylethyl)-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.73 Å R-free 0.255
9XYK Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with JP-7-1-7 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CRL 4-chloro-1-(2-cyclohexylethyl)-3-methyl-N-[2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.73 Å R-free 0.255
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 GOL GLYCEROL × 4 SCN THIOCYANATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 GOL GLYCEROL × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XYL Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with S17092 提交 2025-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–710（710 aa）
未记录 A1CRK {(2S,3aS,7aS)-1-[(1R,2R)-2-phenylcyclopropane-1-carbonyl]octahydro-1H-indol-2-yl}(1,3-thiazolidin-3-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.249
9XZZ Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KYP2047 提交 2025-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–710（710 aa）
未记录 2P6 (2S)-1-[1-(4-phenylbutanoyl)-L-prolyl]pyrrolidine-2-carbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 7 SCN THIOCYANATE ION × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；in 25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.200
9XZZ Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KYP2047 提交 2025-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–710（710 aa）
未记录 2P6 (2S)-1-[1-(4-phenylbutanoyl)-L-prolyl]pyrrolidine-2-carbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 5 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；in 25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.200
9XZZ Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KYP2047 提交 2025-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–710（710 aa）
未记录 2P6 (2S)-1-[1-(4-phenylbutanoyl)-L-prolyl]pyrrolidine-2-carbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 3 SCN THIOCYANATE ION × 3 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；in 25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.200

共 15 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPCE_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–709； UniProt 2–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ddu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ddu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ddu
沉积日期 deposition_date2008-06-06
结构标题 titleProlyl Oligopeptidase with GSK552
关键词 keywordsPOP, Prolyl Oligopeptidase, endopeptidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.74 Å
零角强度 I(0) i0101480000.00
分子量 molecular_weight80383.0 kDa
排除体积 excluded_volume100930 ų
包络体积 envelope_volume121090 ų
水化壳体积 shell_volume37847 ų
包络直径 envelope_diameter84.4 Å
壳层 Rg shell_rg34.50 Å
包络 Rg envelope_rg25.57 Å
形状 Rg shape_rg25.72 Å
总 Rg total_rg26.70 Å
总原子数 total_atoms5677
残基数 n_residues707
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.2 Å
Rg (实空间) rg_real26.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal101500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9017
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.4 Å
偏度 Skewness skewness0.148
峰度 Kurtosis kurtosis-0.429
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18110000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3ddua1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain
家族 Family familyb.69.7.1 — Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ddua2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.4 — Prolyl oligopeptidase, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3dduA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id3dduA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)