3de5

roteinase K by Classical hanging drop method after the second step of high X-Ray dose on ESRF ID23-1 beamline

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proteinase K

物种未注明

UniProt P06873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 106–384 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;20mg/ml of protein in 25mM HEPES, pH7.0, reservoir solution composed by 25mM HEPES and 400mM Na/K tartrate at pH7.0. Onto the siliconized glass cover slides were mixed 4 microL of protein solution with 4 microL of reservoir solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.10 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 256 个其他 PDB 条目、256 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRTK_TRIAL
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–279; UniProt 106–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3de5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3de5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3de5
沉积日期 deposition_date2008-06-08
结构标题 titleroteinase K by Classical hanging drop method after the second step of high X-Ray dose on ESRF ID23-1 beamline
关键词 keywordsAlpha Beta protein, HYDROLASE, Calcium, Metal-binding, Protease, Serine protease, Zymogen; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.68
零角强度 I(0) i016201100.00
分子量 molecular_weight28804.0 kDa
排除体积 excluded_volume35288 ų
包络体积 envelope_volume38278 ų
水化壳体积 shell_volume18557 ų
包络直径 envelope_diameter54.0
壳层 Rg shell_rg23.47
包络 Rg envelope_rg16.96
形状 Rg shape_rg16.71
总 Rg total_rg17.53
总原子数 total_atoms2021
残基数 n_residues279
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.4
Rg (实空间) rg_real17.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real1.6200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8166
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.5
偏度 Skewness skewness0.032
峰度 Kurtosis kurtosis-0.513
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4731000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3de5x_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3de5X00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)