3din

Crystal structure of the protein-translocation complex formed by the SecY channel and the SecA ATPase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

Thermotoga maritima MSB8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECA_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–871； UniProt 1–871 作者链 B； PDB构建体 1–871； UniProt 1–871

Preprotein translocase subunit SecY

Thermotoga maritima MSB8

UniProt Q9X1I9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X1I9_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 F； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

Preprotein translocase subunit secE

Thermotoga maritima MSB8

UniProt P35874

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit SecG × 1 （B1L914） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECE_THEMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

Preprotein translocase subunit SecG

Thermotoga sp.

UniProt B1L914

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein translocase subunit secA × 1 （Q9X1R4） Preprotein translocase subunit SecY × 1 （Q9X1I9） Preprotein translocase subunit secE × 1 （P35874） MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B1L914_THESQ
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3din
沉积日期 deposition_date	2008-06-20
结构标题 title	Crystal structure of the protein-translocation complex formed by the SecY channel and the SecA ATPase
关键词 keywords	;protein translocation, membrane protein, ATPase, ATP-binding, Inner membrane, Nucleotide-binding, Protein transport, Transport, Transmembrane ;; MEMBRANE PROTEIN, PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3din__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3din__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3din__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.56 Å
Rg（电子密度）	36.24 Å
总 Rg	36.71 Å
原子数	10684
残基数	1333
排除体积	193150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3din__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3din__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein translocase subunit secA
分子量 formula_weight	100643.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	21368

MILFDKNKRILKKYAKMVSKINQIESDLRSKKNSELIRLSMVLKEKVNSFEDADEHLFEAFALVREAARRTLGMRPFDVQVMGGIALHEGKVAEMKTGEGKTLAATMPIYLNALIGKGVHLVTVNDYLARRDALWMGPVYLFLGLRVGVINSLGKSYEVVWKNPDLARKAIEENWSVWPDGFNGEVLKEESMNKEAVEAFQVELKEITRKEAYLCDVTYGTNNEFGFDYLRDNLVLDYNDKVQRGHFYAIVDEADSVLIDEARTPLIISGPSKESPSVYRRFAQIAKKFVKDKDFTVDEKARTIILTEEGVAKAEKIIGVENLYDPGNVSLLYHLINALKALHLFKKDVDYVVMNGEVIIVDEFTGRLLPGRRYSGGLHQAIEAKEGVPIKEESITYATITFQNYFRMYEKLAGMTGTAKTEESEFVQVYGMEVVVIPTHKPMIRKDHDDLVFRTQKEKYEKIVEEIEKRYKKGQPVLVGTTSIEKSELLSSMLKKKGIPHQVLNAKYHEKEAEIVAKAGQKGMVTIATNMAGRGTDIKLGPGVAELGGLCIIGTERHESRRIDNQLRGRAGRQGDPGESIFFLSLEDDLLRIFGSEQIGKVMNILKIEEGQPIQHPMLSKLIENIQKKVEGINFSIRKTLMEMDDVLDKQRRAVYSLRDQILLEKDYDEYLKDIFEDVVSTRVEEFCSGKNWDIESLKNSLSFFPAGLFDLDEKQFSSSEELHDYLFNRLWEEYQRKKQEIGEDYRKVIRFLMLRIIDDHWRRYLEEVEHVKEAVQLRSYGQKDPIVEFKKETYYMFDEMMRRINDTIANYVLRVVKVSEKDEKEAKEELGKIRLVHEEFNLVNRAMRRATEKKKKKDGLHSFGRIRVKR

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase subunit SecY
分子量 formula_weight	48217.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MWQAFKNAFKIPELRDRIIFTFLALIVFRMGIYIPVPGLNLEAWGEIFRRIAETAGVAGILSFYDVFTGGALSRFSVFTMSVTPYITASIILQLLASVMPSLKEMLREGEEGRKKFAKYTRRLTLLIGGFQAFFVSFSLARSNPDMVAPGVNVLQFTVLSTMSMLAGTMFLLWLGERITEKGIGNGISILIFAGIVARYPSYIRQAYLGGLNLLEWIFLIAVALITIFGIILVQQAERRITIQYARRVTGRRVYGGASTYLPIKVNQGGVIPIIFASAIVSIPSAIASITNNETLKNLFRAGGFLYLLIYGLLVFFFTYFYSVVIFDPREISENIRKYGGYIPGLRPGRSTEQYLHRVLNRVTFIGAVFLVVIALLPYLVQGAIKVNVWIGGTSALIAVGVALDIIQQMETHMVMRHYEGFIKKGKIRGRR

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Preprotein translocase subunit secE
分子量 formula_weight	7322.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G

MEKLRKFFREVIAEAKKISWPSRKELLTSFGVVLVILAVTSVYFFVLDFIFSGVVSAIFKALGIG

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Preprotein translocase subunit SecG
分子量 formula_weight	8251.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

MKTFFLIVHTIISVALIYMVQVQMSKFSELGGAFGSGGLHTVFGRRKGLDTGGKITLVLSVLFFVSCVVTAFVLTR

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126740
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d3dina1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.162 — Pre-protein crosslinking domain of SecA
超家族 Superfamily superfamily	a.162.1 — Pre-protein crosslinking domain of SecA
家族 Family family	a.162.1.1 — Pre-protein crosslinking domain of SecA

结构域编号 domain_id	d3dina2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.172 — Helical scaffold and wing domains of SecA
超家族 Superfamily superfamily	a.172.1 — Helical scaffold and wing domains of SecA
家族 Family family	a.172.1.1 — Helical scaffold and wing domains of SecA

结构域编号 domain_id	d3dina3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d3dina4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d3dinb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.162 — Pre-protein crosslinking domain of SecA
超家族 Superfamily superfamily	a.162.1 — Pre-protein crosslinking domain of SecA
家族 Family family	a.162.1.1 — Pre-protein crosslinking domain of SecA

结构域编号 domain_id	d3dinb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.172 — Helical scaffold and wing domains of SecA
超家族 Superfamily superfamily	a.172.1 — Helical scaffold and wing domains of SecA
家族 Family family	a.172.1.1 — Helical scaffold and wing domains of SecA

结构域编号 domain_id	d3dinb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d3dinb4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d3dinc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.41 — Preprotein translocase SecY subunit
超家族 Superfamily superfamily	f.41.1 — Preprotein translocase SecY subunit
家族 Family family	f.41.1.1 — Preprotein translocase SecY subunit

结构域编号 domain_id	d3dind_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.28 — Preprotein translocase SecE subunit
家族 Family family	f.23.28.1 — Preprotein translocase SecE subunit

结构域编号 domain_id	d3dine_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.6 — Sec-beta or SecG subunit of protein translocation channel
家族 Family family	f.17.6.2 — SecG subunit

结构域编号 domain_id	d3dinf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.41 — Preprotein translocase SecY subunit
超家族 Superfamily superfamily	f.41.1 — Preprotein translocase SecY subunit
家族 Family family	f.41.1.1 — Preprotein translocase SecY subunit

结构域编号 domain_id	d3ding_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.28 — Preprotein translocase SecE subunit
家族 Family family	f.23.28.1 — Preprotein translocase SecE subunit

结构域编号 domain_id	d3dinh_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.6 — Sec-beta or SecG subunit of protein translocation channel
家族 Family family	f.17.6.2 — SecG subunit

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晶胞边长 a length_a	101.616 Å
晶胞边长 b length_b	156.003 Å
晶胞边长 c length_c	358.155 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2790
R_work r_work	0.2790
R_free r_free	0.3030

Crystal structure of the protein-translocation complex formed by the SecY channel and the SecA ATPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase subunit SecY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase subunit secE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase subunit SecG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3din__assembly_2__model_1

3din__assembly_2__model_1 | I(q)

3din__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

7. 引用文献 (1)