3dkt

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maritimacin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Putative uncharacterized protein × 60 （Q9WZP3） water × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MARIT_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 E； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 F； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 G； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 H； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 I； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 J； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Putative uncharacterized protein

物种未注明

UniProt Q9WZP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Maritimacin × 60 （Q9WZP2） water × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WZP3_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 L； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 M； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 N； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 O； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 P； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 Q； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 R； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 S； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 T； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dkt
沉积日期 deposition_date	2008-06-26
结构标题 title	Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin
关键词 keywords	;enzyme encapsulation, nanocompartment, oxidative stress, ferritin-like protein, hk97-fold, Antibiotic, Antimicrobial, Bacteriocin, Cobalt, Hydrolase, Protease, Secreted, STRUCTURAL PROTEIN-VIRUS LIKE PARTICLE COMPLEX ;; STRUCTURAL PROTEIN/VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dkt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dkt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dkt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	102.50 Å
总 Rg	102.70 Å
原子数	131820
残基数	16320
排除体积	2360400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dkt__assembly_1__model_1`	120-meric （120）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maritimacin
分子量 formula_weight	30516.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	22070

MEFLKRSFAPLTEKQWQEIDNRAREIFKTQLYGRKFVDVEGPYGWEYAAHPLGEVEVLSDENEVVKWGLRKSLPLIELRATFTLDLWELDNLERGKPNVDLSSLEETVRKVAEFEDEVIFRGCEKSGVKGLLSFEERKIECGSTPKDLLEAIVRALSIFSKDGIEGPYTLVINTDRWINFLKEEAGHYPLEKRVEECLRGGKIITTPRIEDALVVSERGGDFKLILGQDLSIGYEDREKDAVRLFITETFTFQVVNPEALILLKF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	816.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T

GGDLGIRK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3dktA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

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晶胞边长 a length_a	669.040 Å
晶胞边长 b length_b	669.040 Å
晶胞边长 c length_c	669.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	960

空间群 space_group	F 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	210
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.104 Å
最低分辨率 resolution_low	49.867 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2390

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maritimacin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dkt__assembly_1__model_1

3dkt__assembly_1__model_1 | I(q)

3dkt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maritimacin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dkt__assembly_1__model_1

3dkt__assembly_1__model_1 | I(q)

3dkt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)