3dkt

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 228.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maritimacin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–265 链 B； UniProt 1–265 链 C； UniProt 1–265 链 D； UniProt 1–265 链 E； UniProt 1–265 链 F； UniProt 1–265 链 G； UniProt 1–265 链 H； UniProt 1–265 链 I； UniProt 1–265 链 J； UniProt 1–265	未记录	Putative uncharacterized protein × 60 （Q9WZP3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；0.1M citrate, 21.5% MPD (v/v), 0.25M ammonium acetate, pH5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DKT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WKV Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE) 提交 2020-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 0 1–265（265 aa）链 1 1–265（265 aa）链 2 1–265（265 aa）链 3 1–265（265 aa）链 4 1–265（265 aa）链 5 1–265（265 aa）链 6 1–265（265 aa）链 7 1–265（265 aa）链 8 1–265（265 aa）链 9 1–265（265 aa）链 A 1–265（265 aa）链 B 1–265（265 aa）链 C 1–265（265 aa）链 D 1–265（265 aa）链 E 1–265（265 aa）链 F 1–265（265 aa）链 G 1–265（265 aa）链 H 1–265（265 aa）链 I 1–265（265 aa）链 J 1–265（265 aa）链 K 1–265（265 aa）链 L 1–265（265 aa）链 M 1–265（265 aa）链 N 1–265（265 aa）链 O 1–265（265 aa）链 P 1–265（265 aa）链 Q 1–265（265 aa）链 R 1–265（265 aa）链 S 1–265（265 aa）链 T 1–265（265 aa）链 U 1–265（265 aa）链 V 1–265（265 aa）链 W 1–265（265 aa）链 X 1–265（265 aa）链 Y 1–265（265 aa）链 Z 1–265（265 aa）链 a 1–265（265 aa）链 b 1–265（265 aa）链 c 1–265（265 aa）链 d 1–265（265 aa）链 e 1–265（265 aa）链 f 1–265（265 aa）链 g 1–265（265 aa）链 h 1–265（265 aa）链 i 1–265（265 aa）链 j 1–265（265 aa）链 k 1–265（265 aa）链 l 1–265（265 aa）链 m 1–265（265 aa）链 n 1–265（265 aa）链 o 1–265（265 aa）链 p 1–265（265 aa）链 q 1–265（265 aa）链 r 1–265（265 aa）链 s 1–265（265 aa）链 t 1–265（265 aa）链 u 1–265（265 aa）链 v 1–265（265 aa）链 w 1–265（265 aa）链 x 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7K5W Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7KQ5 Cryo-EM structure of a thermostable encapsulin from T. maritima 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 PROPANE；3 ul sample applied to the carbon side of the grid and blotted for 4s before plunging.	分辨率 2.00 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LII Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182D, E183D, Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 3.55 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIJ Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187K	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIK Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：H187R	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.91 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIL Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：G186E,H187E,Y188E	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.84 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIM Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：Del(184-190)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 4 seconds, force 20 immediately prior to plunging into ethane	分辨率 2.75 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIS Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：E184D,P189D, Del(185-188)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.96 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7LIT Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–265（265 aa）	突变：K182G, L190G, Del(182-189)	RBF RIBOFLAVIN × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 0, wait time 30 seconds	分辨率 2.53 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
7MU1 Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2021-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl and 5 mM 2-mercaptoethanol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；blot force	分辨率 3.30 Å
9Y8P Cryo-EM structure of Thermotoga maritima encapsulin shell 提交 2025-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–265（265 aa）链 AA 1–265（265 aa）链 AB 1–265（265 aa）链 B 1–265（265 aa）链 BA 1–265（265 aa）链 BB 1–265（265 aa）链 C 1–265（265 aa）链 CA 1–265（265 aa）链 CB 1–265（265 aa）链 D 1–265（265 aa）链 DA 1–265（265 aa）链 DB 1–265（265 aa）链 E 1–265（265 aa）链 EA 1–265（265 aa）链 EB 1–265（265 aa）链 F 1–265（265 aa）链 FA 1–265（265 aa）链 FB 1–265（265 aa）链 G 1–265（265 aa）链 GA 1–265（265 aa）链 GB 1–265（265 aa）链 H 1–265（265 aa）链 HA 1–265（265 aa）链 HB 1–265（265 aa）链 I 1–265（265 aa）链 IA 1–265（265 aa）链 J 1–265（265 aa）链 JA 1–265（265 aa）链 K 1–265（265 aa）链 KA 1–265（265 aa）链 L 1–265（265 aa）链 LA 1–265（265 aa）链 M 1–265（265 aa）链 MA 1–265（265 aa）链 N 1–265（265 aa）链 NA 1–265（265 aa）链 O 1–265（265 aa）链 OA 1–265（265 aa）链 P 1–265（265 aa）链 PA 1–265（265 aa）链 Q 1–265（265 aa）链 QA 1–265（265 aa）链 R 1–265（265 aa）链 RA 1–265（265 aa）链 S 1–265（265 aa）链 SA 1–265（265 aa）链 T 1–265（265 aa）链 TA 1–265（265 aa）链 U 1–265（265 aa）链 UA 1–265（265 aa）链 V 1–265（265 aa）链 VA 1–265（265 aa）链 W 1–265（265 aa）链 WA 1–265（265 aa）链 X 1–265（265 aa）链 XA 1–265（265 aa）链 Y 1–265（265 aa）链 YA 1–265（265 aa）链 Z 1–265（265 aa）链 ZA 1–265（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 12 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MARIT_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 D； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 E； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 F； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 G； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 H； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 I； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 J； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Putative uncharacterized protein

物种未注明

UniProt Q9WZP3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 106–113 链 L； UniProt 106–113 链 M； UniProt 106–113 链 N； UniProt 106–113 链 O； UniProt 106–113 链 P； UniProt 106–113 链 Q； UniProt 106–113 链 R； UniProt 106–113 链 S； UniProt 106–113 链 T； UniProt 106–113	片段：;C-terminal encapsulin binding peptide, UNP residues 106-113' ;	Maritimacin × 60 （Q9WZP2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；0.1M citrate, 21.5% MPD (v/v), 0.25M ammonium acetate, pH5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WZP3_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 L； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 M； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 N； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 O； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 P； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 Q； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 R； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 S； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113 作者链 T； PDB构建体 1–8； UniProt 106–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dkt
沉积日期 deposition_date	2008-06-26
结构标题 title	Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin
关键词 keywords	;enzyme encapsulation, nanocompartment, oxidative stress, ferritin-like protein, hk97-fold, Antibiotic, Antimicrobial, Bacteriocin, Cobalt, Hydrolase, Protease, Secreted, STRUCTURAL PROTEIN-VIRUS LIKE PARTICLE COMPLEX ;; STRUCTURAL PROTEIN/VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.51 Å
零角强度 I(0) i0	1284330000.00
分子量 molecular_weight	311000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	393390 Å³
包络体积 envelope_volume	669560 Å³
水化壳体积 shell_volume	89105 Å³
包络直径 envelope_diameter	225.3 Å
壳层 Rg shell_rg	63.34 Å
包络 Rg envelope_rg	61.48 Å
形状 Rg shape_rg	64.51 Å
总 Rg total_rg	64.47 Å
总原子数 total_atoms	21970
残基数 n_residues	2720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.2 Å
Rg (实空间) rg_real	64.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1282000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8597
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.747
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0007
最高正则化参数 α highest_alpha	45970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.881

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maritimacin
分子量 formula_weight	30516.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	22070

MEFLKRSFAPLTEKQWQEIDNRAREIFKTQLYGRKFVDVEGPYGWEYAAHPLGEVEVLSDENEVVKWGLRKSLPLIELRATFTLDLWELDNLERGKPNVDLSSLEETVRKVAEFEDEVIFRGCEKSGVKGLLSFEERKIECGSTPKDLLEAIVRALSIFSKDGIEGPYTLVINTDRWINFLKEEAGHYPLEKRVEECLRGGKIITTPRIEDALVVSERGGDFKLILGQDLSIGYEDREKDAVRLFITETFTFQVVNPEALILLKF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein
分子量 formula_weight	816.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T

GGDLGIRK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3dktA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

结构域编号 domain_id	3dktJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2400 — Major capsid protein gp5 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3dktJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — hypothetical protein PF0899 domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	669.040 Å
晶胞边长 b length_b	669.040 Å
晶胞边长 c length_c	669.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	960

空间群 space_group	F 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	210
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.104 Å
最低分辨率 resolution_low	49.867 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/dk/3dkt/3dkt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/3dkt/3dkt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/3dkt/3dkt.dat

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maritimacin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)