SAXSdb — 3dno

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 envelope glycoprotein gp120

HIV-1 M:B_HXB2R

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 9	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1H2
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 90–124 作者链 D； PDB构建体 1–35； UniProt 90–124 作者链 G； PDB构建体 1–35； UniProt 90–124 作者链 B； PDB构建体 1–100； UniProt 198–297 作者链 B； PDB构建体 104–170； UniProt 330–396 作者链 E； PDB构建体 1–100； UniProt 198–297 作者链 E； PDB构建体 104–170； UniProt 330–396 作者链 H； PDB构建体 1–100； UniProt 198–297 作者链 H； PDB构建体 104–170； UniProt 330–396 作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 410–492 作者链 F； PDB构建体 1–83； UniProt 410–492 作者链 I； PDB构建体 1–83； UniProt 410–492

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dno
沉积日期 deposition_date	2008-07-02
结构标题 title	Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the CD4-bound state
关键词 keywords	;HIV-1, ENVELOPE GLYCOPROTEIN, IMMUNODEFICIENCY VIRUS, gp120, AIDS, Apoptosis, Cleavage on pair of basic residues, Envelope protein, Fusion protein, Host-virus interaction, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Viral immunoevasion, Virion, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dno__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dno__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.40 Å
Rg（电子密度）	46.59 Å
总 Rg	46.72 Å
原子数	6738
残基数	864
排除体积	119680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dno__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	4225.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	6738

TENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTP

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	18570.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

TSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTGAGHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWF

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HIV-1 envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	9330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

GSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIE

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	20.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Tomographic reconstruction Weighted Back Projection
颗粒数 num_particles	—

Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the CD4-bound state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dno__assembly_1__model_1

3dno__assembly_1__model_1 | I(q)

3dno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the CD4-bound state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dno__assembly_1__model_1

3dno__assembly_1__model_1 | I(q)

3dno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)