SAXSdb — 3dnv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein hipA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	HTH-type transcriptional regulator hipB × 2 （P23873） ;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDAPDTPDCPDCPDCPDCPDTPDTPDAPDAPDGPDGPDGPDGPDAPDTPDAP*DG)-3') ; × 2 SULFATE ION × 16 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440

HTH-type transcriptional regulator hipB

Escherichia coli

UniProt P23873

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Protein hipA × 2 （P23874） ;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDAPDTPDCPDCPDCPDCPDTPDTPDAPDAPDGPDGPDGPDGPDAPDTPDAP*DG)-3') ; × 2 SULFATE ION × 16 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIPB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dnv
沉积日期 deposition_date	2008-07-02
结构标题 title	MDT Protein
关键词 keywords	persistence, mdt, DNA-binding, Repressor, Transcription, Transcription regulation, Transcription-DNA COMPLEX; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dnv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dnv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.80 Å
Rg（电子密度）	36.14 Å
总 Rg	36.34 Å
原子数	8612
残基数	1008
排除体积	151210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dnv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein hipA
分子量 formula_weight	49444.5 kDa
突变 mutation	D309Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4340

MPKLVTWMNNQRVGELTKLANGAHTFKYAPEWLASRYARPLSLSLPLQRGNITSDAVFNFFDNLLPDSPIVRDRIVKRYHAKSRQPFDLLSEIGRDSVGAVTLIPEDETVTHPIMAWEKLTEARLEEVLTAYKADIPLGMIREENDFRISVAGAQEKTALLRIGNDWCIPKGITPTTHIIKLPIGEIRQPNATLDLSQSVDNEYYCLLLAKELGLNVPDAEIIKAGNVRALAVERFDRRWNAERTVLLRLPQEDMCQTFGLPSSVKYESDGGPGIARIMAFLMGSSEALKDRYDFMKFQVFQWLIGATQGHAKNFSVFIQAGGSYRLTPFYDIISAFPVLGGTGIHISDLKLAMGLNASKGKKTAIDKIYPRHFLATAKVLRFPEVQMHEILSDFARMIPAALDNVKTSLPTDFPENVVTAVESNVLRLHGRLSREYGSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional regulator hipB
分子量 formula_weight	10024.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MMSFQKIYSPTQLANAMKLVRQQNGWTQSELAKKIGIKQATISNFENNPDNTTLTTFFKILQSLELSMTLCDAKNASPESTEQQNLEW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDCPDTPDAPDTPDCPDCPDCPDCPDTPDTPDAPDAPDGPDGPDGPDGPDAPDTPDAP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	6447.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

ACTATCCCCTTAAGGGGATAG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3dnva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3dnvB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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晶胞边长 a length_a	166.340 Å
晶胞边长 b length_b	166.340 Å
晶胞边长 c length_c	62.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	89
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	58.170 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2850

MDT Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein hipA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HTH-type transcriptional regulator hipB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dnv__assembly_1__model_1

3dnv__assembly_1__model_1 | I(q)

3dnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

MDT Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein hipA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HTH-type transcriptional regulator hipB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dnv__assembly_1__model_1

3dnv__assembly_1__model_1 | I(q)

3dnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)