← 返回搜索
3do7

X-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B

Mus musculus

UniProt Q8VE46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 88–383 片段：RHR (UNP residues 88-383) 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3' × 2 Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit × 1 （Q00653） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6% PEG 4000, 50 mM NaCl, 0.1% BOG, 10 mM DTT, 10 mM NaCitrate and 2 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8VE46_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–296； UniProt 88–383

Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit

Homo sapiens

UniProt Q00653

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 37–329 片段：RHR (UNP residues 37-329) 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DC)-3' × 2 Avian reticuloendotheliosis viral (V-rel) oncogene related B × 1 （Q8VE46） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6% PEG 4000, 50 mM NaCl, 0.1% BOG, 10 mM DTT, 10 mM NaCitrate and 2 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 3.05 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3DO7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A3Q HUMAN NF-KAPPA-B P52 BOUND TO DNA 提交 1998-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 37–327（291 aa）
链 B 37–327（291 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；THE PROTEIN-DNA COMPLEX WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 5% PEG 4000, 5 MM MGSO4, 50 MM MES PH 6.0 AND 3 MM DTT. DROPS CONTAINED A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.10 Å R-free 0.320
2D96 Solution structure of the Death domain of Nuclear factor NF-kappa-B p100 提交 2005-12-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 766–861（96 aa） 片段：death domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.15mM death domain U-15N, 13C, 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 407–765（359 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.35 Å R-free 0.272
4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 407–765（359 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.35 Å R-free 0.272
5ZMC Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2 提交 2018-04-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 35–329（295 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 2.0 M Ammonium sulphate
分辨率 2.99 Å R-free 0.288
7CLI Structure of NF-kB p52 homodimer bound to P-Selectin kB DNA fragment 提交 2020-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–398（398 aa）
链 B 1–398（398 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 0.2M CsCl, 5% PEG 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.275
7VUP Structure of NF-kB p52 homodimer bound to +1/-1 swap P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–398（398 aa）
链 B 1–398（398 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.286
7VUQ Structure of NF-kB p52 homodimer bound to A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–398（398 aa）
链 B 1–398（398 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.249
7W7L Structure of NF-kB p52 homodimer bound to 13-mer A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–327（327 aa）
链 B 1–327（327 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50mM MES, pH 6.0, 10mM MgCl2, 10% PEG 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.258

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFKB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–293； UniProt 37–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3do7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3do7
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3do7
沉积日期 deposition_date2008-07-03
结构标题 titleX-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex
关键词 keywords;PROTEIN-DNA COMPLEX, Nucleus, Activator, Alternative splicing, ANK repeat, Chromosomal rearrangement, Cytoplasm, Disease mutation, DNA-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, Proto-oncogene, Transcription, Transcription regulation, Ubl conjugation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.02 Å
零角强度 I(0) i0110124000.00
分子量 molecular_weight75147.0 kDa
排除体积 excluded_volume90691 ų
包络体积 envelope_volume129380 ų
水化壳体积 shell_volume35093 ų
包络直径 envelope_diameter118.2 Å
壳层 Rg shell_rg36.94 Å
包络 Rg envelope_rg32.96 Å
形状 Rg shape_rg32.06 Å
总 Rg total_rg32.32 Å
总原子数 total_atoms5239
残基数 n_residues621
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.0 Å
Rg (实空间) rg_real31.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal110100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8707
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2 Å
偏度 Skewness skewness0.462
峰度 Kurtosis kurtosis-0.154
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15340000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.930
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3do7a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd3do7a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3do7b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd3do7b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3do7A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id3do7A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3do7B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id3do7B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)