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3doe

Complex of ARL2 and BART, Crystal Form 1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 2

Homo sapiens

UniProt P36404

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–184 未记录 ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein × 1 （Q9Y2Y0） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；0.1M bicine, 10% PEG 6000, 20mM hexammine cobalt (III) chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.25 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3DOE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3DOF Complex of ARL2 and BART, Crystal Form 2 提交 2008-07-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–184（184 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.294
9M1I Cryo-EM structure of the TBC-D-Arl2-beta-tubulin complex 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.48 Å
9M1J Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-beta-tubulin complex 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.14 Å
9M1K Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-beta-tubulin complex with GTP 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.45 Å
9M1L Cryo-EM structure of the TBC-DE-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GTP 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9M1M Cryo-EM structure of the TBC-DEC-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GDP-AlFx 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.21 Å
9M1N Cryo-EM structure of the TBC-DC-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GDP-AlFx 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–184（184 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.24 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARL2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q9Y2Y0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–163 未记录 ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 （P36404） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；0.1M bicine, 10% PEG 6000, 20mM hexammine cobalt (III) chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.25 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3DOE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K9A The Solution Structure of the Arl2 Effector, BART 提交 2008-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3DOF Complex of ARL2 and BART, Crystal Form 2 提交 2008-07-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.294

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AR2BP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 3–165； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3doe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3doe
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3doe
沉积日期 deposition_date2008-07-04
结构标题 titleComplex of ARL2 and BART, Crystal Form 1
关键词 keywords;ADP-ribosylation factor-like 2, binder of ARL2, small GTPase, effector, complex structure, GTP-binding, Lipoprotein, Myristate, Nucleotide-binding, Polymorphism, Alternative splicing, Cytoplasm, Mitochondrion, Phosphoprotein, SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex ;; SIGNALING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.74 Å
零角强度 I(0) i022167900.00
分子量 molecular_weight35757.0 kDa
排除体积 excluded_volume44673 ų
包络体积 envelope_volume54382 ų
水化壳体积 shell_volume21438 ų
包络直径 envelope_diameter76.4 Å
壳层 Rg shell_rg27.89 Å
包络 Rg envelope_rg21.81 Å
形状 Rg shape_rg21.74 Å
总 Rg total_rg22.52 Å
总原子数 total_atoms2516
残基数 n_residues303
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.7 Å
Rg (实空间) rg_real22.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22170000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.313
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4007000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3doea1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd3doea2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3doeA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3doeB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1520 — Adp-ribosylation factor-like protein 2-binding protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ADP-ribosylation factor-like 2-binding protein, domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)