3dr3

Structure of IDP00107, a potential N-acetyl-gamma-glutamylphosphate reductase from Shigella flexneri

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase

Shigella flexneri

UniProt P59310

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 SODIUM ION × 8 D-MALATE × 4 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SODIUM ION × 4 D-MALATE × 2 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SODIUM ION × 4 D-MALATE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARGC_SHIFL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–337; UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dr3
沉积日期 deposition_date2008-07-10
结构标题 titleStructure of IDP00107, a potential N-acetyl-gamma-glutamylphosphate reductase from Shigella flexneri
关键词 keywords;CSGID target, argC, Shigella flexneri, essential gene, Amino-acid biosynthesis, Arginine biosynthesis, Cytoplasm, NADP, Oxidoreductase. FUNDED BY THE NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES OF NIH CONTRACT NUMBER HHSN272200700058C, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dr3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dr3__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dr3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.81 Å
Rg(电子密度)27.98 Å
总 Rg28.71 Å
原子数5096
残基数670
排除体积91139 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3dr3__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3dr3__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3dr3__assembly_3__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3dr3A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dr3A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
▶

7. 引用文献 (2)