3dvu

Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-bcl-2

Murid herpesvirus 4

UniProt P89884

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Beclin-1 × 1 (Q14457) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Beclin-1 × 1 (Q14457) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P89884_MHV68
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–137; UniProt 2–136 作者链 B; PDB构建体 3–137; UniProt 2–136

Beclin-1

物种未注明

UniProt Q14457

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-bcl-2 × 1 (P89884) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 V-bcl-2 × 1 (P89884) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BECN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–26; UniProt 105–130 作者链 D; PDB构建体 1–26; UniProt 105–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dvu
沉积日期 deposition_date2008-07-20
结构标题 titleCrystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain
关键词 keywords;AUTOPHAGY, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, VIRAL BCL-2, BECLIN 1, APOPTOSIS, M11, ANTIVIRAL DEFENSE, BH3 DOMAIN, Coiled coil, Cytoplasm, Golgi apparatus, Membrane, Polymorphism, Viral Protein-apoptosis COMPLEX ;; Viral Protein/apoptosis
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dvu__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dvu__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dvu__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.17 Å
Rg(电子密度)14.65 Å
总 Rg15.96 Å
原子数1246
残基数155
排除体积22213 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3dvu__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3dvu__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3dvua_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd3dvub_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3dvuA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id3dvuB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
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7. 引用文献 (1)